107آلوسى با فرقۀ احيا شدۀ رافعيه در بغداد بود كه تحت تأثير معنوى شيخ رافعى و اندرزگوى قدرتمند سلطان عبدالحميد، ابوالهدى الصيادى اداره و رهبرى ميشد، ليكن برخلاف تلاشهاى بى ثمر الصيادى در بازتعريف رافعيه بهعنوان فرقهاى معتدل و نرم خو، در مقايسه با قادريه و نقشبنديه، جايگاه فرقۀ رافعيه در ديد علماى مطرح آن روزگار، به دليل رفتارهاى خشن و خارج از موازين اسلام - اَكل آتش و فرايض جذبهاى و نشأه وار - به شدت متززل بود. 1چنين به نظر ميرسد كه ابوالهدى ميكوشيد از ارتباط آلوسى با شبكۀ علماى عراق براى كسب محبوبيت و ارتقاى جايگاه فرقۀ خويش استفاده كند. آنها مدتها در ارتباط مكاتبهاى بودند، اما آلوسى بهدليل تفاوتهاييكه در اعمال متصوّفانه بين خود و الصيادى احساس ميكرد، اين ارتباط را قطع كرد.
به همان ميزان كه جهانبينى آلوسى در درك وقايع آن روزگار مؤثر است، اضمحلال حكمرانى و تسلّط علماى بغداد در آن وضعيت نيز تأثيرگذار و حايز اهميت است. او بهعنوان يك فقيه كامل و يكى از اصليترين نويسندگان متون تئوريك و تاريخى اسلامى ونيز يكى از مبرّزترين اساتيد پايبند به مبانى آموزش در جهان اسلام، از انحطاط همه جانبهاى كه مانند ساختارهاى مذهبى و انواع فرايض دينى، در سطوح عالى آموزش و علم پرورى در زادگاه خويش مشاهده مى كرد، بسيار نگران و آزرده خاطر بود. انتقاد اصلى آلوسى، به جامعۀ مرجانيه بود كه مسند تدريس در آن، به يك سلسلۀ خانوادگى محصور و منحصر شده بود. مدرسه مرجانيه در سال 1356 به دست يكى از سپاهيان اهل آسياى مركزى، به نام مرجان بن عبدالله بن عبدالرحمان السلطانى جغتايى، با شرط آموزش فقه حنفى و شافعى در آن، ساخته شد. آلوسى در اين باب چنين گفته است:
«تعداد بسيارى از اين موقوفات، احتياج به تعميرات اساسى دارند ونيز بخش اعظم آنها به دست ديگران غصب شده است. . . براى مثال، دارالشفا به دست يك يهودى غصب شده و هم اكنون يكى از معروفترين قهوهخانه هاى شهر در آن برپا شده است. بسيارى از دكانها و انبارهايى كه منبع اصلى مخارج و هزينههاى مدرسۀ مرجانيه به حساب ميآمد. هم اكنون در مالكيت خصوصى افراد خاصى است و حتى برخى از آنها تبديل به كليسا شده است» 2
آلوسى با تلاش بسيار و ارائۀ اسناد و شواهد متعددى كوشيد عرصۀ وسيعى را كه در مقابل مسجد نُعمانى وجود داشت و در روزهاى آخر عمر دولت عثمانى به دست عدهاى غاصب، از فضاى مسجد مجزا گشته و از آن سلب مالكيت گرديده بود، را به وقف اوليه بازگرداند، ليكن هيچ نهاد و شخصيتى مسؤوليت پيگيرى اين مسأله را به عهده نگرفت. 3بعدها مشخص شد كه عرصۀ مذكور در پى تلاش دستگاه كنسولى بريتانيا در عراق، به تعدادى از مبلغين كرملى سپرده شده تا در آن كليسايى بنا كنند اينجاست كه ناله و شكوۀ آلوسى به آسمان ميرسد و از غصب موقوفات اسلامى و احداث بازار و كليسا به جاى آن، تأسف ميخورد. او در ادامه به فاحشهخانهها و ميكدههايى كه در مقابل مساجد اسلامى و در انظار مسلمانان به فعاليتهاى نامشروع و آزادانۀ خويش مشغول بودند، به سختى تاخته است. 4
اين تغييرات در ابعاد مختلف، زندگى آلوسى را تحت تأثير قرار داد. در حاليكه حلقههاى اخوّت صوفيان تحت حمايت همه جانبۀ باب عالى عثمانى به رشد و گسترش قابل توجهى رسيده بود، عدم موافقت گرايشهاى سلفى آلوسى با اين سياست و نيز تلاش همه جانبۀ مخالفانش براى بدنام كردن او، با عناوينى؛ مانند «شيخ وهابى» و حتى بى عدالتى