80اسلامى توقف شديدى را ايجاد كرده بود، به مقابلۀ مسدل، علمى و منطقى همه جانبه پرداختند و عقايدى انحرافى را كه در جامعه بسط يافته بود زدودند و تفكر ولايت و اهل بيت را با معيار وجود نبى گرامى(ص) نشر دادند. ياران خود را از جسم و صورت داشتن خدا نهى نمودند، و اينكه خداوند شيئى است نه مانند اشياى عالم، نفى زمانى بودن، مكانى بودن و نفى رؤيت پرداختند و جوامع توحيدى را بر بلنداى رفيع خويش مطرح فرمودند و به طور كلى، به زدودن شبهه از حوزۀ انديشه و دين پرداختند و ياران خود را مسلح به علم و منطق و خرد نمودند.
4. پرورش نخبگان علم
در مكتب تربيتى مدينه كه توسط امام باقر(ع) بنياد نهاده شد، دانشمندان برجستهاى در علوم و دانشهاى اسلامى، همچون اصول، فقه، حديث، تفسير، كلام و علوم طبيعى و ... پرورش يافتند. به خصوص در حوزۀ فقه و مباحث كلامى، مدرسۀ آن حضرت بسيار پهناور و گسترده بود.
برجستگان از تربيت يافتگان مدرسه و مكتب امام باقر(ع) شخصيتهاى نامآورى هستند؛ مانند: جابربن يزيد جعفى، حمران بن اعين، (مجلسى، ج46، ص 349، 1983) زرارة بن اعين، عام بن عبدالله جذاعه، حجر بن زائده، عبدالله بن شريك عامرى، (ذهبى، ص3.4) فضل بن يسار بصرى، سلام بن مستنير، بريد بن معاوية عجلى، حكم بن ابى نعيم، (ذهبى، ج3، ص185) ابوبصير اسدى، محمد بن مسلم ثقفى، ليث بن بخترى مرادى، عبدالله بن ابى يعفور، زياد بن ابى رجاء و .... كه اكثر آنان پس از امام باقر(ع) توفيق تلمّذ در مكتب فرزند گرامى آن حضرت؛ يعنى امام صادق(ع) را نيز پيدا كردند.
بهگفتۀ ذهبى: «اكثر حافظان حديث در اسناد، به گفتۀ آن حضرت همعقيده و هم انديشهاند.» (ذهبى، ص403 ، بىتا)
شيخ مفيد مىنگارد: «بازماندگان اصحاب، بزرگان تابعين و برجستهترين فقيهان مسلمان مسائل و موضوعات دينى را از آن حضرت روايت كردهاند.» (ذهبى، ج2، ص152)
شاگرد آن حضرت را فقيهان، متكلمان و شخصيتهاى بزرگ علمى تشكيل مىدادند. چنانكه حمران بن اعين و زرارة بن اعين هر دو، هم محدثان و فقيهان نام آورى بودند و هم متكلمانى ماهر در فن خطابه و علم مناظره، و به گفته كشى، اينان از برترين و داناترين شاگردان آن حضرت بودهاند. (طوسى، تحقيق سيد مهدى رجايى، ص28، 1404ق.)