128پزشكى، زيست شناسى، روان شناسى و جنين شناسى، به سير خلقت انسان از آغاز تكوين او تا پايان زندگى و شگفتى‌هاى عالم خلقت اشاره كرده است و نعمت‌هاى بيكران الهى و وجوب شكر و سپاس نسبت به آن‌ها، ناتوانى انسان در اين امر و بى‌نيازى حضرت حق از هر طاعت و شكر و عبادتى را گوشزد مى‌نمايد آنگاه با بيان برخى از صفات ثبوتيه و سلبيه خداوند و حمد و ثناى او اين بخش را با صلوات بر محمد و آل محمد به پايان مى‌برد.
بخش سوم دعا 13 مشتمل بر درخواست امورى است كه به كمال نفس و تعالى روح، حصول معرفت، تقرب به درگاه الهى، تكامل در عبوديت و حسن ارتباط بنده با خدا مربوط است و امام از خدا تقاضا مى‌كند هر آن‌چه كه در رشد و تعالى انسان و تقويت وجهۀ رحمانى او براى رسيدن به درجات عالى در دنيا و آخرت مؤثر است به او عطا نمايد.
بخش چهارم دعا14 با سپاس از خداوند در برابر نعمتِ وجود، آغاز شده و امام7 تربيت‌هاى ربوبى را نسبت به خودش يادآورى كرده و با صلوات، نيازهاى خود را به درگاه پروردگار بى‌نياز ابراز مى‌كند و از او نسبت به سختى‌هاى دنيا و آخرت يارى مى‌طلبد و از تنهايى و غربت به او شكايت برده و مرگ سعادتمند را همراه با خشنودى خدا از بارى‌تعالى مى‌خواهد.
بخش پنجم دعا 15 با اقرار به وحدانيت خدا و تعظيم و تكريم او، با وصفِ صاحبِ بلد حرام و مشاعر مقدس آغاز گرديده و آنگاه به گونه‌اى‌كه گويى خداوند، تنها به اين بنده اختصاص دارد، زبان به ثناى او گشوده و به بيان نعمت‌هايش پرداخته است. آنگاه به دستگيرى‌هاى خداوند از بندگان مقرّبش اشاره مى‌كند و صفات حضرت حق را يك به يك مى‌شمارد و به دنبال آن، به دعاهايى‌كه از او در حالات خاصى اجابت و بلاهايى‌كه از وى دفع شده، مى‌پردازد و نعمت‌هاى او بر بنده‌اش را غير قابل شمارش مى‌داند.
در بخش ششم دعا، 16 امام حسين (ع) برخى از شؤون ربوبيت و الوهيت حضرت حق و حالات فقر و نياز بنده به او و اعتراف به كوتاهى و تقصير به درگاه خدا را پيش كشيده و يك به يك الطاف او را متذكر شده و به كردار زشت خود در برابر او اعتراف كرده و تمام توفيقاتى را كه در اعمال خير داشته به او (خداوند) مستند مى‌كند و از خداوند مى‌خواهد كه با فضلش با او رفتار كند نه با عدلش.
در بخش هفتم دعا، 17 دوازده مرتبه با عبارت «لاَ إِلهَ إِلاَّ أَنْتَ سُبْحَانَكَ» به وحدانيت خداوند اقرار مى‌كند و آنگاه با بيان حالات مختلف؛ مانند استغفار، خوف، رجا، رغبت و سؤال، به ذكر تنزيه خداوند از هر عيب و نقص و تقدس او از فقر و احتياج مى‌پردازد، سپس به ستايش خداوند روى آورده و نعمت‌هاى بيكران او را ياد و از خداوند استمرار آن‌ها را تقاضا و يارى بر تقوا و بندگى را طلب مى‌كند.
در بخش هشتم دعا، 18 از ثنا و ستايش خداوند و صفات فعلى و جمالى او كه در رابطه با بندگان است، سخن مى‌گويد و با اظهار بيچارگى، درماندگى و تضرّع و زارى و صلوات بر خاتم پيامبران و معرفى صفات او و خاندانش و تقاضاى برآمده شدن حاجات به پايان مى‌رسد.
بخش نهم دعا، 19 با درخواست پاكى و استقامت در راه و قبول راز و نياز آغاز شده و با تمجيد و تكريم و برشمردن صفات جلال و جمال خدا ادامه يافته و با طلب رزق حلال، عافيت در دين و