106تا با مصلاّى شريف نبوى هم سطح شود. به اين منظور حدود يك ذراع از كف مسجد را كندند. در اين ميان با طبقهاى از خاك مواجه شدند كه زير آن لايهاى از شن و ماسه بود. بعد از اين دو لايه به سطح مساوى با مصلاّى شريف نبوى رسيدند. با اين اقدامِ مسؤولِ بازسازى مسجد، بحمد الله اين بدعت نيز از ميان برچيده شد.» (سمهودى، ج2، ص96، تحقيق: قاسم السامرائى، اول، 1422ق.)
به جاى محرابى كه در آتش سوخته بود، محرابى زيبا و ستودنى از سنگ مرمرِ رنگين ساخته شد. در ساخت اين محراب از آب طلا و... استفاده شده بود؛ بهگونهاى كه از محراب قبل بسيار زيباتر و با شكوهتر شد.
سمهودى مىنويسد: «كف محراب ياد شده را نسبت به مصلاّى شريف با ارتفاعى بيشتر ساختند؛ زيرا محراب در محل صندوقى ساخته شده بود كه مقابل مصلاّ قرار داشت. البته اين نكته جاى تأمل و توجه دارد. والله العالم». (سمهودى، ج2، ص98، تحقيق: قاسم السامرائى، اول، 1422ق.)
تاريخ بازسازى مسجد در لوحى مرمرين، در پشت محراب شريف نبوى، نقش بسته است. بر روى اين لوح با خطى برجسته پنج سطر زير را نگاشتهاند:
بسم الله الرحمن الرحيم وصلَّى الله على سيّدنا محمد
بهنام خداوند بخشندۀ مهربان و درود او بر سيّد و سرور ما [حضرت] محمّد[(ص)]
أمر بعمارة هذا المحراب النبوي الشريف، العبد الفقير المعترف بالتقصير مولانا السلطان الملك الأشرف
به بازسازى اين محراب شريف نبوى دستور داد، بندۀ فقيرِ مقرّ به تقصير؛ مولانا سلطان ملك اشرف.
أبو النصر قايتباي خلد الله ملكه بتاريخ
ابو نصر قايتباى - كه خداوند سلطنت وى را جاودانه گرداند! به تاريخ
شهر ذي الحجة الحرام سنة ثمان وثمانين وثمانمائة من الهجرة النبوية.
ماه ذى حجة الحرام، سال 888 پس از هجرت پيامبر(ص) . (الشهرى، صص342 و 343 بىتا. / صالح لمعى مصطفى، ص120، 1981م.)
بر روى كليد طاق محراب اين جمله نقش بسته است:
هذا محراب رسول الله صلى الله عليه وسلم.
اين محراب پيامبرخدا - صلى الله عليه]و آله[ و سلم - است.