197هجمۀ ددمنشان بعثى قرار گرفت و به ناچار از آن شهر هجرت كرد. مرحوم نجفى در اين باره مى‌گويد:
«سال‌هاى 57 و 58ه. ش. در خرمشهر به سر مى‌بردم، مشغول تحقيق و تدوين نهايى مجلّد اول مدينه‌شناسى بودم كه عراقى‌ها با گلوله‌هاى توپ، خرمشهر را مورد حمله قرار دادند، پس از هجوم، راهى جز ترك خانه و ديار نداشتم، به همراه همسر و سه پسر كوچكم و دختر بيست روزه‌ام، خانه و هرچيز باارزشى كه در آن بود را رها كرديم و شبانه از شهرى در آتش خارج شديم، مدتى در بروجرد به سر برديم تا اينكه قسمت‌هايى از خرمشهر را عراقى‌ها گرفتند، همسرم مرا تشويق كرد تا به خرمشهر بازگردم و مقدارى پول و اثاث و لباس برداشته، بازگردم. با زحمت فراوان به خرمشهر بازگشتم. شهر را دود و آتش فرا گرفته و خالى از سكنه بود. نبرد توپخانه‌ها و خمپاره‌ها در غرب شهر ادامه داشت. خانۀ شخصى ما در منتهى اليه شرق شهر قرار داشت و با افتادن و خزيدن و دويدن، خود را به خانه‌ام رساندم، همه چيز موجود بود، به اتاق كودكانم رفتم امّا نتوانستم چيزى را انتخاب كنم. . . به اتاق كتابخانه‌ام رفتم، شش هزار جلد كتاب و صدها ميكروفيلم و پروندۀ تحقيق داشتم، نگاهى به همه انداختم، قدرت تصميم‌گيرى نداشتم، به اتاق پذيرايى رفتم به فرش‌ها، ظرف‌ها و اشياى باارزش نگاه كردم، چه مى‌توانستم بردارم و در ماشين كوچك خود جاى دهم و بار كنم؟ ! كمى لباس بچه‌هايم را برداشتم و به كتابخانه بازگشتم و چمدانى را كه در آن عكس‌ها و اسلايدها و تحقيقات «مدينه‌شناسى» و «آثار ايران در مصر» و «دين نامه‌هاى ايران» بود برداشتم و با هرچه ثروت بود خداحافظىِ هميشگى كردم. اين سخت‌ترين انتخابى بود كه بر سر ادامۀ تحقيق وجود داشت و در نهايت بر نفس خود فايق آمدم و نقوش مدينه را آوردم و ثروت خانه را رها كردم. . . .»
مرحوم سيد محمد باقر نجفى در زمينه‌هاى گوناگون تخصص و تبحّر داشت، ليكن از آن همه، به كار مدينه‌شناسى‌اش به شدت عشق مى‌ورزيد. از ايشان پرسيده بوديم از چه زمانى انگيزۀ چنين پژوهشى در شما پديدار شد؟ در پاسخ گفت:
«در آبان ماه سال 1353 ه. ش. براى اوّلين بار طرحى دادم تا پيش از آغاز سفر