14عاد بحر العلوم إلى النجف الأشرف، وتصدّى زعامة الإمامية، فصار مرجعها الأوّل، ومفتيها الأكبر وقد أسدى خلال فترة زعامته خدمات جليلة للطائفة المحقّة وللدين الإسلامي الحنيف ذكرها المترجمون لسيرته. وقد مدحه كلّ من تصدى لترجمة حياته وسيرته من المعاصرين له ومن يليهم، ويكفي للدلالة على علو مقامه ماذكره صاحب ( المواهب السنية في شرح الدّرة الغروية) في ترجمة السيد حيث يقول: «كان ركناً من أركان هذه الطائفة وعمادها، ومن أورع نسّاكها وعبّادها، وهو بحر العلوم المؤيّد بتأييدات الحيّ القيّوم، محيي مدارس الرسوم، لسان المتأخرين، كاشف أسرار المتقدمين، متمّم القوانين العقلية، مهذّب القواعد والفنون النقليّة، علّامة العلماء الأعلام، فخر فقهاء الإسلام، وهو الحبر العلّام، والبحر القمقام، والأسد الضرغام، مفتي الفرق، الفاروق بالحقّ، حامي بيضة المذهب والدين، ماحي آثار المفسدين بترويج مراسم أجداده الطاهرين، نور الهداية في الظُّلمَ. .» .

توفي السيد رحمه اللّٰه في السابعة والخمسين من عمره الشريف في شهر رجب من سنة 1212ه‍ ودُفن في مقبرة كان قد أعدّها لنفسه في حياته في الزاوية الشمالية الغربية من مسجد الشيخ الطوسي رحمه الله في النجف الأشرف بجوار مرقد أمير المؤمنين علي بن أبي طالب عليه السلام وعلى مسافة أمتار من قبر شيخ الطائفة الشيخ محمد بن الحسن الطوسي ( المتوفى 460ه‍) رحمه اللّٰه.

مؤلفاته:

كان سيدنا المترجم له على عظمته في العلم والتحقيق، قليل التأليف لعدة اُمور: لانشغاله بالتدريس والزعامة الدينية، ولكثرة أسفاره في سبيل أداء رسالته الإسلامية، ولشدة احتياطه ودقّة مسلكه، وبالرغم من هذا وذاك فقد احتفظ التأريخ العلمي له بيسير من المؤلفات هي:

1 - كتاب المصابيح في العبادات والمعاملات في الفقه، وقد أكثر النقل عنه