13والشيخ محمد تقي الدورقي ( ت / 1186ه) ، والشيخ محمد باقر هزارجريبي (ت/1205ه) ، ثمّ عاد إلى كربلاء وتتلمذ على كبير علماء الشيعة آنذاك وهو الآغا محمد باقر الشهير بالوحيد البهبهاني ( ت / 1205ه) فلازمه مدّة وصار من أبرز تلامذته وموضع اعتماده، وحينما عجز الوحيد عن التدريس لكبر سنه أوصى تلميذه النبيه بأن يعود إلى النجف ويؤسس حوزة دراسية لتربية الطلاب، وفعلاً عاد السيد إلى النجف الأشرف فحلّق حوله جماعة استفادوا من نمير علمه، وصاروا أعلاماً ومنارات للعلم والتقوى اهتدى بهم الناس، وكان منهم السيد حيدر العاملي، الشيخ جعفر بن الشيخ خضر الجناجي (صاحب كشف الغطاء) السيد جواد العاملي (صاحب مفتاح الكرامة) ، الشيخ أبو علي الحائري (صاحب منتهى المقال في علم الرجال) والمولى أحمد النراقي، والسيد محمد الطباطبائي المجاهد، السيد محمد الخوانساري، الشيخ أسد اللّٰه التستري ( صاحب المقابس) ، الميرزا محمد النيسابوري الأخباري، حجة الإسلام السيد محمد الشفتي الأصفهاني، الشيخ محمد علي الأعسم، السيد دلدار علي الهندي وآخرون.
سافر السيد سنة 1186ه إلى خراسان فسكن 8 سنوات بجوار مشهد الإمام علي بن موسى الرضا عليه السلام، فأفاد واستفاد، وخلال هذه الفترة حضر عند الميرزا مهدي الشهيدي الخراساني ودرس عنده الفلسفة الإسلامية، ولمواهبه العلميّة ونبوغه لقبه شيخه الخراساني بلقب (بحر العلوم) فصار يعرف بعده، واشتهرت اُسرته بهذا اللقب.
توجه بحر العلوم سنة 1192ه صوب الديار المقدسة لأداء فريضة الحجّ، فمكث في مكّة (زادها اللّٰه تشريفاً وتعظيماً) سنتين ودرّس خلالها الفقه على المذاهب السنّية الأربعة في المسجد الحرام، ولعلّ هذه الرسالة من ثمرات تلك السفرة، كما تنسب له فكرة بناء المآذن الأربع في أطراف الحرم؛ لتسهيل طواف الطائفين حول البيت.