54او پس از وفات امام باقر (ع) به امام صادق (ع) وفادار ماند 1و به دليل موقعيت و جايگاه حساس خود، نقش هدايت و راهنمايى پيروان را نيز ايفا كرد. بر همين اساس سفيان بن عيينه از جابر بن يزيد نقل كرده است كه علم رسول‌الله (ص) به على (ع) منتقل شده و سپس از سوى فرزندان آن حضرت به جعفر بن محمد (ع) رسيده است. 2
موقعيت جابر به عنوان نماينده و باب امام محمد باقر (ع) در كوفه، او را در معرض خطراتى قرار داده بود. در منابع به اين امر اشاره شده كه هشام بن عبدالملك اموى فرمان قتل جابر جعفى را داده و او با راهنمايى پيشواى معصوم خود، با تظاهر به جنون، جان خود را نجات داده است. 3نعمان بن بشير ضمن روايت همسفر شدنش با جابر در سفر مدينه و ديدار با امام (ع) ، به ماجراى بازگشت چنين اشاره مى‌كند:
«مرد بلندقامتِ گندم‌گونى پيدا شد كه نامه‌اى داشت و آن را به جابر داد. جابر آن را گرفت و بوسيد و بر ديده نهاد. در نامه نوشته بود: از جانب محمد بن على به سوى جابر بن يزيد، و بر آن نامه مهر سياهى بود. جابر به او گفت: كى نزد آقايم بودى؟ گفت: هم‌اكنون. جابر گفت: پيش از نماز يا پس از نماز؟ گفت: پس از نماز. جابر مهر را برداشت و شروع به خواندن كرد و چهره‌اش را درهم كشيد تا اين‌كه به پايان نامه رسيد. سپس نامه را نگه‌داشت و تا كوفه، او را خندان و شاد نديدم. شبانگاه به كوفه رسيديم و من خوابيدم. چون صبح شد، به سبب احترام و بزرگداشت او نزدش رفتم. او را ديدم در حالى كه به جانب من مى‌آيد و بر نى سوار شده، مى گويد: منصور بن جمهور را فرماندهى مى‌بينم كه فرمان‌بر نيست! و اشعارى از اين قبيل مى خواند. او به من نگريست و من به او. نه او چيزى به من گفت و نه من به او. من از وضعى كه از او ديدم، شروع به گريستن نمودم. كودكان و مردم گرد ما جمع شدند و او آمد تا اين‌كه وارد رحبه شد و با كودكان مى‌چرخيد. مردم مى‌گفتند: جابر بن يزيد ديوانه شده. به خدا سوگند كه چند روز بيش نگذشت كه از جانب هشام بن عبد الملك نامه‌اى به والى كوفه رسيد كه مردى را كه نامش جابر بن يزيد جعفى است پيدا كن و گردنش را بزن و سرش را براى من بفرست. والى متوجه اهل مجلس شد و گفت: جابر بن يزيد جعفى كيست؟ گفتند: خدا تو را اصلاح كند؛ مردى بود دانشمند و فاضل و محدث كه حج گزارد و ديوانه شد، و اكنون در رحبه بر نى سوار مى‌شود و با كودكان بازى مى‌كند.