119مدرسه بزرگ آخوند، يكى از پررونق‌ترين مدارس نجف به شمار مى‌آيد و شخصيت‌هاى برجسته‌اى چون: آقا نجفى قوچانى (متوفاى 1363 ق) ، آيت‌الله العظمى سيد محمود شاهرودى (متوفاى 1353 ش) و آيت‌الله العظمى سيد عبدالاعلى سبزوارى (متوفاى 1372ش) و آيت‌الله سيد عباس خاتم يزى (متوفاى 1380ش) در آن سكونت داشتند. مرحوم آقا نجفى قوچانى در كتاب خاطرات خود، چگونگى ورودشان به اين مدرسه را چنين نقل مى‌كنند:
رفتم نزد آقاى آخوند؛ مدرسه بزرگ كه تازه بنايى مى‌كردند و خود آقاى آخوند هر روز يك ساعتى به آن مدرسه مى‌رفت و گوشه‌اى مى‌نشست و به كار عمله و بنا تماشا مى‌كرد و خوشش مى‌آمد؛ بلكه نوعاً تماشاى تعميرات خصوصاً خيريه كه يك نوع از صدقات جاريه است، خوشايند است. نزديك بود طبقه اول آن مدرسه تمام شود؛ عرض كردم از اين مدرسه به من حجره داده مى‌شود؟ فرمودند: پس به جهت كه بنا مى‌شود؟ ! [سپس به فرزندش گفت] ميرزا مهدى! هر حجره كه آقا مى‌خواهد به ايشان بده و به اسم ايشان ثبت كن. آقا ميرزا مهدى گفت: كدام را مى‌خواهى؟ و من حجره‌اى كه در گوشه واقع بود، تعيين كردم. فرمودند: همه از اين حجره‌ها كه فضاى مدرسه در نظر اندازشان هست، تعيين مى‌كنند و تو خيلى ساده هستى كه گوشه مستور را تعيين مى‌كنى. گفتم: من حجره مى‌خواهم كه درس در او بخوانم و افكارم مرتب باشد، نه براى تماشا كه خوش منظره باشد؛ والا اين قدرها من هم شعور دارم كه آنها بهتر است، اما نه براى طلبه. . . كم كم منتقل شدم به مدرسه آخوند و به جديت تمام مشغول به درس و بحث و نوشتن شدم. 1
مرحوم‌آيت‌الله خاتم يزدى يكى ديگر از ساكنان مدرسه بزرگ آخوند بود كه در خاطرات خويش مى‌گويد:
بنده در بدو ورود به نجف اشراف (سال 1333ش) در مدرسه بزرگ مرحوم‌آخوند ساكن شدم. مرحوم آخوند خراسانى سه مدرسه در نجف اشراف داشت كه به مدرسه صغرى و مدرسه وسطى و مدرسه كبرى معروف بودند. در سال‌هاى بعد مرحوم آقاى خلخالى، مدرسه كبرى را خراب كرد و در جاى آن، يك مدرسه مجلل در سه طبقه بنا نمود. ظاهراً اين مدرسه در حال حاضر در اختيار رژيم بعث قرار گرفته است. 2