120در اواخر قرن چهاردهم، ساختمان اين مدرسه فرسوده شد تا اين كه در سال 1348 شمسى به همت مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمين حاج شيخ نصرالله خلخالى و با هزينه مرحوم حاج على آقا سياهپوشان به شكل باشكوه و زيبايى تجديد بنا گرديد. 1
ساختمان جديد مدرسه بزرگ آخوند، از يك حياط بزرگ مربع شكل تشكيل شده است كه در اطراف آن، سه طبقه و تعداد 103 حجره دارد. كتابخانه و مدرس آن در طبقه دوم ضلع شرقى مدرسه واقع است. به علاوه از يك زيرزمين بزرگ نيز برخوردار است كه به گفته خادم مدرسه، در مراسم مهم حوزوى و تشكيل جلسات و بزرگداشت‌هاى سرتاسرى از آن استفاده مى‌شود.
پيش از ظهر روز شنبه ششم اسفندماه 1390 برابر با سوم ربيع الاول 1433 قمرى به همراه اعضاى هيئت تحريريه فصلنامه از اين مدرسه ديدن كرديم. حدود 127 طلبه پاكستانى، هندى و افغانى در آن ساكن بودند. خادم مدرسه اجازه نداد تا از ساختمان داخل و حجرات مدرسه عكس بگيريم؛ اما هنگام خروج، از درب ورودى و تابلوى سر در مدرسه عكس گرفتيم. سردر مدرسه، نماى حجرات و راهروهاى مدرسه، همه با كاشى‌هاى فيروزه‌اى رنگ تزئين شده است.
اين مدرسه در زمان رژيم بعثى عراق، بارها مورد حمله نيروهاى امنيتى قرار گرفت؛ به‌خصوص در قيام شعبانيه سال 1991 به اشغال صداميان درآمد و مدت‌ها اين اشغالگرى ادامه داشت كه در خاطرات آيت‌الله خاتم يزدى به آن اشاره شده است.
مدرسه وسطاى آخوند
اين مدرسه كه در محله «بُراق» ، ابتداى ورودى يكى از كوچه‌هاى خيابان امام صادق (ع) (شارع الصادق) قرار دارد، در سال 1326 قمرى با اشراف و هدايت آخوند خراسانى و به سرمايه بانى مدرسه بزرگ تأسيس شد و داراى دو طبقه و 34 حجره بوده است. در اين مدرسه مراجع بزرگى مانند: آيت‌الله سيد عبدالهادى شيرازى و آيت‌الله سيد احمد خوانسارى سكونت داشتند. به گفته اهالى محل و كسبه اطراف مدرسه، قسمتى از آن در زمان حكومت صدام در مسير خيابان قرار گرفت و تخريب شد.
در مراجعه به اين مدرسه، با درب بسته آن مواجه شديم و نتوانستيم از ساختمان داخلى و