126گذشته، ايشان را دستگير و تبعيد كرد. بدين ترتيب مسجد براى چندين سال بسته و متروك ماند.
مرجع بزرگ و عاليقدر، آيت الله العظمى سيد محسن طباطبايى (رحمة الله) در اين مسجد درس خارج مى‌گفت و در اين اواخر، آيت الله العظمى شهيد محمد صادق صدر اين مسجد را مكانى براى تدريس قرار داده بود و صبح و عصر در آن تديس داشت.
سرانجام در سال 1426ه. تخريب اين مسجد به اتمام رسيد و داخل طرح بزرگ توسعۀ رواق مقدس قرار گرفت.»
مسجد الخضرة (مسجد الخضراء)
از مساجد كهن نجف اشرف است و به درستى مشخص نيست چه كسى آنرا ساخته و چه زمانى ساخت آن به پايان رسيده است؟ اين مسجد چسبيده به ضلع شمال شرقى صحن مطهر حيدرى است و داراى دو در مى‌باشد: درِ نخستِ آن درخيابان دور صحن شريف و درِ دوم آن، در سوّمين ايوان سمت راست، هنگام داخل شدن از باب مسلم بن عقيل (باب العبايچه) قرار دارد.
شيخ محمد حرزالدين گفته است:
«مسجد خضره را درويشى هندى، در فضاى متّصل به مسجد و در حوالى دوران ملالى، در نجف ساخت و از آن تاريخ به بعد به مسجد خضره معروف شد.»
به استناد اين گفته، مشخص مى‌شود كه اين مسجد در قرن دهم موجود بوده است؛ چرا كه ملاّ عبدالله صاحب كتاب «حاشيۀ المنطق» كه به نام خودش مشهور است (حاشيۀ ملا عبدالله) ، بزرگ خاندان ملالى، از طرف شاه عباس صفوى اول به خزانه‌دارى حرم علوى منسوب شده بود و شاه عباس هم در سال 996ه. به حكومت رسيد و در سال 1037ه. وفات يافت.
شيخ جعفر محبوبه اين چنين بيان كرده كه: «در آن - يعنى در مسجد خضراء - اثرى باستانى كه قدرت آن را ثابت كند، وجود ندارد. . .»
و نيز گويد: «علّت نامگذارى اين مسجد را نمى‌دانيم امّا ممكن است جديدتر از نام «خضرۀ الشريفۀ» باشد و سپس به «مسجد الحضره» معروف شده و بعد از آن تحريف (جابجايى نقطه و اعراب) ، و تبديل به «خضره» گرديد و احتمال ديگر اينكه درون مسجد گياه و سبزه‌اى بوده و به سبب آن به «خضره» (سبزه) مشهور گشت. «البراقى» اين مسجد را به على بن مظفر صاحب كتاب «الرؤيا» نسبت مى‌دهد.