127آنچه شيخ جعفر محبوبه در اين متن بيان كرده، تنها صِرف احتمالات است و به دليل و مدركى استناد نكرده و آنچه را از «البراقى» نقل مى‌كند ممكن است اشتباهى از سوى البراقى باشد. از سيد عبدالكريم بن طاووس رؤيا ابن مظفر، متنى نقل شده كه:
«ابن مظفر النّجار حكايت كرد كه: در ملكى سهم داشتم كه آنرا به صورت غصبى از من گرفتند. داخل حرم اميرالمؤمنين (ع) شدم در حاليكه شاكى بودم، گفتم: اى امير مؤمنان، اگر ملكم را به من برگردانى اين مجلس را از مال و ثروت خود خواهم ساخت. پس از مدّتى سهم من از آن زمين بازگردانده شد.
مدتى بى‌توجه بود تا اينكه امير المؤمنين (ع) را در خواب ديد، در حاليكه حضرت در گوشۀ گنبد ايستاده بود. دستش را گرفت و حركت كرد تا اينكه در قسمت بيرونى باب الوداع ايستاد و به مجلس اشاره كرد و فرمود: يُوفُونَ بِالنَّذْرِ) ؛ يعنى آنان بر نذر خود وفا كردند.»
ابن مظفرالنجار مى‌گويد عرض كردم:
«با كمال مسرّت، از فرداى آن روز مشغول ساختن آن گرديد. روشن است كه اين خواب و رؤيا و كرامت دليل بر اين نيست كه او مسجد الخضرا را ساخته باشد؛ چراكه در اين داستان كلمۀ «مجلس» آمده و اين متن در كتابهاى «الغارات» و «بحارالأنوار» به همين شكل آمده ولى در حاشيۀ كتاب «ماضى النجف» اين داستان از كتاب «فرحۀ الغرى» نقل شده كه در آنجا به جاى كلمۀ «مجلس» ، مسجد را آورده است.»
حاج حسين شاكرى مى‌گويد:
«اين مسجد را «خضراء» ، خواهر «عمران بن شاهين» بنا نهاده ولى منبع اين اطلاعات را ذكر نكرده است. من هم پس از بررسى در منابعى كه در مورد تاريخچۀ نجف و روضۀ حيدرى نوشته شده در اين باره چيزى نيافتم، چرا كه نام آن «مسجد الخضره» بوده و «خضراء» نام جديدى است كه مردم در قرن حاضر به آن پى‌برده‌اند.
يكسوم از مساحت مسجد گرفته شد و به خيابان اطراف صحن افزوده گرديد. بازسازى، مرمت و توسعۀ آن در سال 1368ه. توسط دولت عراق به پايان رسيد.»
آيت الله خويى (رحمة الله) دردهۀ هشتاد قرن چهاردهم دستور داد مسجد را تخريب وآنرا بازسازى كنند.
ايشان براى تجديد بناى آن، تلاش‌هاى زيادى انجام داد و حجت الاسلام شيخ ميرزا احمد انصارى را به عنوان سرپرست و ناظر اين طرح قرار داد.
مرحوم آيت الله خويى، امام جماعت اين مسجد بود و همچنين محلّى براى تدريس فقه و اصول