175اصرار ميرزاى شيرازى بر حضور آقا سيد اسماعيل در سامرا دلايل مختلفى داشت. بازگشت آقا سيد اسماعيل به سامرا چند ماه پس از صدور حكم تاريخى تحريم تنباكو در اول جمادى‌الاولى سال 1309 و در زمانى صورت گرفت كه مبارزات ميرزاى شيرازى با استعمار انگليس به اوج رسيده بود. اگرچه درباره نقش آقا سيد اسماعيل به عنوان مشاور ميرزا در مديريت اين مبارزه، سندى منتشر نشده، اما برخى محققين از آن ياد و تجليل كرده‌اند. از ديگر اسباب اصرار ميرزاى شيرازى بر حضور سيد اسماعيل در سامرا اين بود كه افزايش اشتغالات مرجعيت و نيز بالا رفتن سن، ادامه تدريس با حفظ نظم گذشته را براى وى دشوار كرده بود. به همين سبب در صدد برآمد تا اداره حوزه‌ى درسى سامرا را به طور كامل به سه تن از شاگردان برتر خود، يعنى آيات عظام سيد اسماعيل صدر، سيد محمد فشاركى اصفهانى و ميرزا محمدتقى شيرازى واگذار كند. اين‌گونه بود كه اين سه تن در زمان حيات ميرزاى شيرازى، رسما عهده‌دار حوزه درسى سامرا شدند. البته در اين ميان، درس آقا سيد اسماعيل از سوى فضلا و دانش‌پژوهان بيشتر مورد استقبال قرار گرفت. 1
مرجعيت دينى
مرجعيت دينى
ميرزاى شيرازى در بيست‌وچهارم شعبان 1312 درگذشت. در پى وفات وى امر مرجعيت و زعامت دينى به آقا سيد اسماعيل انتقال يافت و فرزندان ميرزا همه دارايى‌ها و وجوه شرعيه‌اى را كه بر جاى مانده بود، به آقا سيد اسماعيل واگذار كردند. اغلب علما، فضلا و حتى