173بزرگ‌تر خود زمزم‌بيگم (همسر شيخ محمدباقر نجفى) عازم سفر حج شد. در حج آن سال بسيارى از حجاج، از جمله خواهر وى، به سبب شيوع بيمارى وبا درگذشتند. آقا سيد اسماعيل نيز به اين بيمارى مبتلا شد، اما تقدير خدا چنين بود كه شفا يابد و در سال 1282ق به نجف بازگردد. 1
در پانزدهم شعبان 1287ق با يكى از دختران پسرعمويش آيت‌الله سيد هادى صدر ازدواج كرد و بدين ترتيب با آيت‌الله سيد يوسف شرف‌الدين (پدر آيت‌الله سيد عبدالحسين شرف‌الدين) و شيخ عبدالحسين آل‌ياسين باجناق شد. مراسم عروسى آقا سيد اسماعيل و باجناقش آيت‌الله سيد يوسف شرف‌الدين، در يك زمان و مكان، به طور مشترك برگذار گرديد. 2
در سال 1291ق دوباره بيمار گرديد و در پى تأكيد پزشكان بر ضرورت تغيير آب و هوا رهسپار اصفهان شد. 3علما، فضلا و طبقات مختلف مردم از بازگشت وى به گرمى استقبال و امامت مسجد جامع اصفهان را به او واگذار كردند. در دوران اقامت در اصفهان، به مناسبت، بر منبر نيز مى‌رفت و مردم را وعظ و ارشاد مى‌كرد. 4اقبال قاطبه مردم به وى و محبوبيت و درخشش او در مدتى كوتاه چنان شدت يافت كه با طبع و ميل باطنى‌اش به ساده‌زيستى و پرهيز از ظهور و بروز در تعارض افتاد. به همين سبب در سال 1294ق ناگهان و بى‌خبر اصفهان را ترك و به نجف اشرف بازگشت. 5