167تخريب و سوزانده شد و سيد به خانه ديگر خود در كرخ نقل مكان كرد؛ خانه‌اى كه جلال‌الدوله، فرزند بهاءالدوله پادشاه ديلمى، دو بار بدان پناهنده گرديد. تمام اين منازل، محل ضيافت تازه‌واردان و پناهگاهى براى افراد بى‌پناه و محل درس و بحث و داراى كتابخانه‌هاى نفيسى بوده است. دارالعلم سيد مرتضى كه شبيه پژوهشگاه‌هاى امروزى بود، در يكى از اين منازل شكل گرفت. اضافه بر اين، شريف مرتضى براى شاگردان مدرسه كرخ حقوق ماهيانه‌اى قرار داده بود تا آنان بتوانند با آسودگى خاطر و به دور از دغدغه تأمين معاش به مطالعه، تحقيق و آموزش مشغول باشند. وقف يك مزرعه از املاك خود براى تهيه كاغذ اهل علم و تأسيس كتابخانه‌اى با منابع متعدد و اصيل، از ديگر تلاش‌هاى سيد مرتضى مى‌باشد. 1يكى از شاگردانش به نام ابوالقاسم تنوخى كه قاضى مدائن بوده مى‌گويد:
كتابخانه سيد مرتضى هشتادهزار جلد كتاب داشت كه آنها را خوانده يا تأليف كرده يا مطالب آنها را به خاطره سپرده بود. رافعى تعداد كتاب‌هاى او را يكصدوچهارده هزار جلد ذكر كرده است. 2
ارتحال اين عالم بزرگ در 436 هجرى اتفاق افتاد. پيكرش را پس از تشريفات شرعى، در خانه‌اش در كرخ دفن كردند؛ اما بعدها آن را به كربلا انتقال دادند و در كنار پدر و برادر گرامى‌اش دفن كردند. 3