112سرانجام ناصرالدين‌شاه نتوانست نظاره‌گر شكوه و اقتدار و عظمت اميركبير باشد و اين اندكى طبيعى هم بود؛ زيرا هيچ فرد مستبد، نمى‌تواند برترى شخص ديگرى را تحمل كند. به‌ناچار در مرحله نخست از اختيارات امير كاست و كمتر او را به حضور طلبيد و به اندرون كمتر راه داد. سپس عرصه را بر وى تنگ كرد. از سوى ديگر امير هم كه به جز خدمت، هدفى نداشت، وقتى زمينه خدمت را فراهم نديد، نامه‌هايى به شاه نوشت و از وى خواست تا منظور خود را صريح و آشكار بيان كند؛ چرا كه او شيفته خدمت است، نه تشنه قدرت.
پس از اين نامه‌نگارى‌ها شاه به اين بهانه كه امير سال‌خورده شده و توان انجام امور دشوار را ندارد، در محرم 1268 فرمان عزل او را صادر كرد كه متن آن به شرح زير بود:
«. . . چون صدارت عظمى و وزارت كبرى زحمت زيادى دارد و تحمل اين مشقت بر شما دشوار است، شما را از آن معاف كرديم. بايد به كمال اطمينان مشغول عمارت نظام باشيد و يك قبضه شمشير و يك قطعه نشان كه علامت رياست كامل است فرستاديم و به آن كار اقدام نماييد تا امر محاسبه و ساير امور را به ديگر چاكران كه قابل باشند، واگذاريم» . 1
مخالفان امير به خلع از صدارت او راضى نشدند و به شيطنت‌ها ادامه دادند تا اين‌كه شاه او را به فين كاشان تبعيد كرد. هنوز چهل روز از تبعيد وى نگذشته بود كه ميرزاآقاخان نورى، دشمن ديرينه امير حكم قتل او را از شاه گرفت و اين مأموريت را به عهدۀ فردى به نام حاج على‌خان مراغه‌اى (حاجب‌الدوله) سپرد. اين جنايت بزرگ در روز جمعه هجدهم ربيع‌الاول 1268 در حمام فين كاشان توسط وى به وقوع پيوست و رگ حيات اين بزرگمرد تاريخ ايران براى هميشه قطع شد. نخست پيكر بى‌جان اميركبير در گورستانى كنار مقبره سيد محمدتقى پشت مشهدى، از علماى مشهور كاشان به رسم امانت به خاك سپرده شد. چند ماه بعد با تلاش و پى‌گيرى همسرش عزت‌الدوله، از كاشان به كربلا انتقال يافت و در جوار رواق ضلع شرقى حرم ابا عبدالله الحسين (ع) سر به بالين تربت حسينى گذاشت. اقبال آشتيانى در اين باره مى‌نويسد:
«پس از فوت امير، نعش او را با احترام با حضور اعيان كاشان به پشت مشهد كاشان حمل كردند و در جوار قبر حاجى سيد محمد تقى مدفون ساختند. بعد از آنكه عزةالدوله به طهران