48ميرزاى نايينى كه از مراجع نجف بودند، با صدور بيانيه‌هايى برگزارى انتخابات توسط ملك فيصل را تحريم كردند. 1كاكس با ارسال نامه تندى به فيصل دستور داد تا با تظاهر كنندگان برخورد كند، ولى او زير بار نرفت. كاكس خود وارد عمل شد و با انتشار بيانيه‌اى مردم را تهديد به سركوب كرد. به دستور او هواپيماهاى جنگى بر فراز مناطق عشايرنشين به پرواز در آمده و مانور دادند.
كاكس در يك اقدام ديگر به آيةالله خالصى و آيةالله سيد حسن صدر پيام فرستاد كه فرزندانشان شيخ محمد و سيد محمود بايد در ظرف 24 ساعت عراق را ترك كنند. در پى اختلافاتى كه در ميان علماى بزرگ و سران عشاير در نحوه مبارزه با دولت و فيصل بروز كرد، جبهه مجاهدان رو به ضعف و سستى گراييد. دشمن نيز از اين فرصت بهره برد و در ذيحجه 1341 شبانه به منزل آيةالله خالصى ريختند و ايشان را به همراه خانواده دستگير و از كاظمين به بصره آوردند. مأموران او و همراهان را چند روز در زيرزمين منزلى زندانى كردند. در اين روزها تلگرافى از دولت ايران رسيد كه ايشان را به ايران دعوت مى‌كرد. آيةالله پاسخ داد: چون اكنون موسم حج است، لازم است سفرى به مكه بكنم و بعد از آن در اين مورد تصميم بگيرم. در اين دوره، شريف حسين، پدر ملك فيصل، پادشاه عربستان بود كه او را هم انگليسى‌ها حمايت مى‌كردند. آيةالله خالصى برخلاف رسم معمول به ديدن او نرفت. هنگام انجام مراسم، فردى انگليسى كه در شركت نفت آبادان مشغول به كار بود، با اسلحه كمرى آيةالله را هدف گلوله قرار داد؛ ولى خوشبختانه تيرش به خطا رفت. وى پس از اتمام مراسم حج عازم ايران شد و از طريق بوشهر، شيراز، اصفهان وارد شهر قم شد؛ سپس به مشهد رفت و در آن‌جا رحل اقامت افكند.
براى اعتراض به تبعيد و اخراج اين عالم بزرگ از عراق، جمعى از علماى اعلام نجف، مانند آيات عظام: سيد ابوالحسن اصفهانى، ميرزا حسين نائينى، جواد جواهرى، على شهرستانى، ميرزا احمد و ميرزا مهدى خراسانى، عبدالحسين طباطبايى و چند تن ديگر از علماى نجف خاك عراق را ترك كرده و به ايران آمدند و در شهر قم سكونت گزيدند. سرانجام آيةالله خالصى در شامگاه يازدهم رمضان 1343 در شهر مقدس مشهد چشم از جهان فرو بست. و در جوار حرم امام رضا (عليه السلام) به خاك سپرده شد.