106امام حسين (ع) و ديگر امامان شيعه نقش محورى داشتند. چند تن از آنان در داخل بقعه‌اى در صحن صغير دفن شده‌اند. در گذشته، بقعه‌اى بر فراز قبر آنان وجود داشت كه در ميان مردم به «بقعه آل بويه» شهرت داشت. در 1368 ق عبدالرسول خالصى به دستور رييس اوقاف وقت عراق، اين بقعه و آثار تاريخى آن را تخريب كرد.
3. مدرسه حسن‌خان
اين مدرسه در ضلع شمال شرقى صحن و بين باب الشهدا و باب الكرامه قرار داشت. ورودى آن در مسجد و در راهرو باب‌الكرامه قرار گرفته بود. بخشى از مدرسه در صحن و بخشى نيز در بيرون صحن قرار داشت. گويند حاج آقا حسين قمى از مدرسه حسن‌خان وارد صحن مى‌شد و در بخش شرقى صحن نماز جماعت را اقامه مى‌كرد. باب الكرامه را «باب مدرسه حسن‌خان» نيز مى‌گويند كه در زاويه شمال شرقى صحن قرار دارد و كه همراه با مجموعه پيرامون آن، جزئى از مسجد مدرسه حسن‌خان بوده است. اين مكان در سال 1365 تخريب شد؛ از اين رو بخش بزرگى از مدرسه در خيابان اطراف صحن واقع است و بخش كوچكى از آن نيز در ضلع شمال شرق صحن قرار دارد.
4. مقبره‌ها
در ضلع جنوب شرقى صحن، مزار «ميرزا محمد تقى شيرازى» (1256 - 1338ق) قرار دارد. او رهبر انقلاب سال 1920م عراق بر ضد استعمار انگليس است كه با مجاهدت‌هاى خود، به سلطه و نفوذ انگليس در عراق پايان داد. او را در ضلع جنوب شرقى صحن در مقبره اختصاصى خود دفن كردند. در 1263ق هنگام توسعه صحن، بقعه‌اى به نام «ايوان شيرازى» به مساحت دويست متر در كنار آن قبر بنا شد كه محل تدريس و تحصيل طلبه‌ها شده بود. مزار ايشان هم در طرح توسعه تخريب گرديد.
روبه‌روى باب شهدا و در بناى متصل به بخش شرقى حرم، مقبره «امير كبير» (1222 - 1268ق) واقع است. پيكر او در سال 1268ق از ايران به كربلا منتقل شد. در جوار صحن صغير مقبره صاحب ضوابط «سيد ابراهيم قزوينى» و «سيد على طباطبايى» (پدر سيد محمد مجاهد) قرار داشت كه امروزه هر دو مزار در بيرون صحن قرار گرفته‌اند.
بخش غربى صحن
در اين بخش مى‌توان از «مدرسه زينيبه» نام برد كه به دليل نزديكى به تلّ زينبيه به اين نام شهرت يافته بود و در طرح ايجاد خيابان اطراف صحن از بين رفت. مقبره روبه‌روى قتلگاه، مرقد عالم عارف «ملاحسينقلى همدانى» (متوفى 1311ق) است كه اكنون در ديوار بيرونى بقعه، سنگ يادبودى براى ايشان نصب شده است.
حاشيه‌هاى حرم
با ساخت خيابان در اطراف صحن امام حسين (ع) بسيارى از امكنه مهم تخريب شد؛ از جمله مى‌توان به بخشى از صحن صغير، مدرسه و مسجد حسن‌خان، مدرسه زينبيه، مدرسه صدر و جامع ناصرى اشاره كرد.
1. مدرسه مسجد الرأس
وقتى از باب السدره خارج مى‌شوى، در سمت راست «مسجد الرأس» قرار داشته و وسط مسجد، حوض كوچكى بوده كه گويند وقتى سر امام را در روز عاشورا بريدند، سر مبارك در اين‌جا گذاشته شد. گفته شده كه در وقت الحاق سر مطهر به بدن، اين سر مقدس يك شب در اين مكان گذاشته شد و سپس به بدن ملحق گرديد.