128او معين شده بود. در اين مسجد صدها مجتهد درس خوانده و در مناطق مختلف پراكنده شدهاند كه از جملۀ آنها مراجع تقليد نجف اشرف و برخى از مراجع تقليد در قم بودند.
زمانيكه آيت الله خويى سلامتى خود را از دست داد و تدريس را كنار گذاشت، داماد خود، آيت الله سيد نصرالله مستنبط را به جاى خويش گذاشت.
آيت الله خويى بعد از وفات سيد مستنبط، مسؤوليت تدريس و امام جماعتى را به عهدۀ آيت الله سيد على سيستانى (دام ظله) نهادكه براى چندين سال ادامه داشت. پس از آن، ادارۀ اوقاف به خاطر ترميم مسجد، درِ آن را بست و تا زمان فرو پاشى رژيم سابق بسته ماند. بعد از سقوط حكومت قبلى، باز هم درِ مسجد به دلايل امنيتى بسته ماند؛ چراكه به صحن شريف راه داشت. تا اينكه بالأخره بعد از باز سازى و پيدا كردن وضعيت مناسب، به دستور آيت الله سيد على سيستانى بازگشايى شد. اين جريان در روز دو شنبه، مورخ يكم جمادى الأول سال 1427ه. برابر با 29/5/2006 ميلادى رخ داد و نماز مغرب و عشا به جماعت و به امامت سيد حسن مرعشى در آن برگزار شد.
حسينيۀ صحن شريف
اين حسينيه در جهت شرق، ديوار شمالى صحن حيدرى قرار دارد و درِ ورودى اين حسينيه در ايوان سوم، از گوشۀ شمال شرقى مى‌باشد كه تنها ورودى آن است. بناى آن قدمت چندانى ندارد و مشهور استكه متولّى ساخت آن، فردى نيكوكار به نام سيد هاشم زينى (رحمة الله) از بزرگان و شخصيت‌هاى برجستۀ نجف اشرف بوده است.
اين حسينيه در طبقۀ همكف داراى دو اتاق بزرگ مستطيل شكل استكه موازى هم هستند و شبيه سالن مى‌باشند كه محوطه‌اى رو باز و تقريباً مربع شكل، ميان اين دو سالن فاصله شده و در بخش غربى اين محوطه وضوخانه قرار دارد.
طبقۀ فوقانى حسينيه نيز داراى دو اتاق است كه بر روى اتاقهاى طبقۀ همكف قرار گرفته و به اندازۀ آنها هستند. البته ايوانى مستطيل شكل و با ارتفاعى كم، ميان اين دو طبقه قرار دارد.
اين حسينيه ساخته شد تا زائران، جهت وضو و برپايى نماز، از آن استفاده كنند ولى متوجه شدم كه اتاقهاى بزرگ آن را انبارى براى مصالح ساختمانى و وسايل دور افتاده كردهاند و زائران فقط از آن براى وضو استفاده مى‌كنند. بعد از مدّتى درِ آن بسته شد و براى چندين سال، بسته ماند.
پس از فرو پاشى رژيم بعث عراق، هيأت ناظر و سرپرست امور حرم، وسايل را بيرون ريخت و