160«يك دو سالى بعد از نجف آمدن، فهميدم كه مجتهد شده‌ام و غالبا در مسائل معنونه، رأى من با رأى آخوند توافق داشت، قبل از آن كه او اظهار رأى كند. و فعلا تقليد آخوند نمى‌كنم، الا در موارد نادرى كه نرسيده‌ام استنباط كنم.»
آقا نجفى تا روزهاى پايانى عمر آخوند، نسبت شاگردى و استادى را با نسبت مريد و مرادى پيوند زد و در سال 1325 كه هفت سال از حضورش در نجف مى‌گذشت «تقريبا يك دوره و نصف به درس آخوند نشسته بود» ؛ چرا كه بيانات و درس او را غذاى روح خود مى‌شمرد.
سيد مسائل جارى سياسى و اجتماعى ايران و عراق را رصد مى‌كرد و به‌خصوص در ماجراى مشروطيت، در كنار استاد خود قرار داشت و با تأسى به او، حريم عالمان حوزه را كه در نقطه مقابل مشروطه‌خواهان قرار داشتند، نگاه مى‌داشت. يكى از نقاط درخشان حضور او، آمادگى براى جهاد بر ضد دولت روس بود؛ زيرا «روس غالبا عساكر خود را به ايران سوق داده و تعديات جابرانه مى‌نمود» . آخوند خراسانى در نيمه آخر ذيحجه 1329 به عزم جهاد و دفاع، آماده حركت به سمت ايران شد. مسجد عمران، مركز تحريض و ترغيب مردم بود. تمام