86وى دعوت كرد تا مقام افتاى دارالخلافه را بر عهده گيرد، اما او نپذيرفت. خليفه بار ديگر از سيد بن طاووس خواست تا مقام نقابت طالبيان را بپذيرد و حتى وزارت را نيز به او پيشنهاد كرد، اما باز زير بار نرفت؛ زيرا از پشت پرده ماجرا و شيطنت خليفه كاملاً آگاه بود.
در سال 655 هجرى چون سرزمين عراق به تصرف لشكر مغول درآمد و شهر بغداد در محاصره كامل قرار گرفت، سيدبن طاووس براى مذاكره با سرداران مغول و جلوگيرى از قتل و غارت و وحشى‌گرى آنان اعلام آمادگى كرد، ولى خليفه اين پيشنهاد را نپذيرفت؛ در نتيجه مغولان به بغداد يورش آوردند و اين شهر بزرگ را درهم كوبيدند.
هلاكو، سردار فاتح مغول، علماى بغداد را در مدرسه المستنصريه جمع كرد و در آن‌جا باآنان وارد گفت‌وگو شد. در اين جلسه سيد بن طاووس و خواجه نصيرالدين طوسى با عقل، تدبير و درايت و مديريت ستودنى‌شان مانع از ادامه غارتگرى مغولان شدند و بدين ترتيب شهرهاى مذهبى سرزمين عراق (عتبات عاليات) از هجوم و غارت مغولان در امان ماند. پس از آن بود كه سيد به پيشنهاد خواجه نصير، نقابت و سرپرستى علويان را پذيرفت. 1
كتاب‌هاى «اللّهوف الملهوف فى قتلى الطفوف» در مقتل امام حسين (ع) ، «فلاح السائل و نجاح المسائل» در اعمال روز و شب، «مصباح الزائر و جناح المسافر» و «مهج الدعوات و منهج العنايات» در اهميت زيارت اهل‌بيت (ع) و دعا و نيايش از جمله آثار ارزشمند اوست. علامه حلى و پدرش شيخ سديدالدين يوسف بن على بن مطهر از بزرگ‌ترين شاگردان سيد بن طاووس به شمار مى‌آيند. 2
سيد بن طاووس سرانجام در پنجم ذى‌قعده سال 664 هجرى چشم از جهان فروبست. در مورد محل دفن وى برخى گويند كه بنا بر وصيت خويش در جوار حرم اميرمؤمنان (ع) دفن شد 3، ولى هم‌اكنون اين مكان شريف در مركز شهر حله، اول خيابانى كه به نام خود سيد بن طاووس شهرت گرفته، واقع شده است. اين قسمت از شهر حله را منقطه «الشاوى» مى گويند. هنگام زيارت مرقد سيد بن طاووس با توليت نيز ديدار كرديم. استقبال خوبى از ما كرد. در صحن مرقد سيد، نمايشگاه دائمى كتاب نيز دائر بود و تمام آثار سيد را در معرض فروش داشت.