114ويژه كه اين مسجد، به عنوان يكى از ايوان‌هاى صحن علوى و بناهاى اصلى آن، از موقعيت و جايگاه خاصى برخوردار است و توجهى ويژه رامى‌طلبد.
با نظر به اين‌كه هم اكنون در اين مسجد كار تعميرات و بازسازى در حال انجام است، اين سؤال به ذهن مى‌آيد كه آيندۀ اين مسجد و وضعيت ستون‌ها و ديوارهاى داخلى و خارجى آن، در روند بازسازى، چگونه خواهد بود و تغييرات، به چه شكلى صورت خواهد گرفت.
سرآغاز تعميرات
در مرحلۀ نخست، پى‌ها و پايۀ ديوارها و ستون‌هاى مسجد كه ديگر تحمل ديوارهاى ضخيم و آجرى را نداشتند، تعمير و محكم كارى شدند. اين پى‌ها و پايه‌ها در بناى قديم مسجد، از سازه‌هاى آجرى بر زمين سخت و محكم تشكيل شده بودند.
آن‌چه تمام مراحل بازسازى را تحت تأثير قرار مى‌داد و با مشكل مواجه مى‌ساخت، اين بود كه پى‌ها بر اثر رطوبت خارجى و نشست لوله‌هاى آب به شدت آسيب ديده بودند و اساس ساختمان مسجد، در معرض تهديد قرار داشت.
دربارۀ اين موضوع، مسئول بخش مهندسى-\ فنى حرم مطهر علوى، آقاى مهندس مظفر محبوب، چنين توضيح داد: ما ناچار شديم تا عمق ديوارهاى آجرى مسجد را خاك بردارى كنيم و با بتون آرمه، آنها را محكم و ديوارها را مقاوم نماييم و در ادامۀ كار، ديوارها را با اسكلت‌هاى آهنى مستحكم، نگاه داشتيم و در چهار جزء اصلى بنا، تعميرات اساسى به عمل آورديم؛ يعنى دو غرفه‌اى را كه بر صحن حرم علوى مشرفند و دو غرفۀ ديگر در طبقۀ بالا كه مشرف بر صحن قرار دارند.
ديوارهاى رو به صحن و رو به ورودى «باب شيخ طوسى» را دست نخورده، به حال خود باقى گذاشته‌ايم؛ چون نياز به تعميرات اساسى نداشتند.
مقبره‌ها و غرفه‌ها
دربارۀ مقبره‌ها و غرفه‌هاى داخل مسجد عمران بن شاهين، مهندس محبوب گفت: كار تعمير غرفه‌هاى طبقه فوقانى، تمام شده و قرار است بالكن و ايوان غرفه‌ها كه رو به صحن علوى قرار دارند، به همان شكل باقى بمانند؛ اما ديوارهاى داخلى غرفه‌ها را برداشته‌ايم؛ تا جزء مجموعه مسجد واقع شوند.
در مورد مقبرۀ مرجع كبير سيد محمد كاظم يزدى كه در سال 1337 ق. در اين مسجد دفن شده، بايد گفت: اين مقبره، در سمت چپ ورودى اصلى مسجد، در كنار ديوار واقع است و يا تصميم گرفته‌ايم كه ديوارهاى اطراف آن را برداريم؛ ولى به ظاهر و شكل متمايز آن و مشبك كروم كارى شده‌اش، دست نزنيم و آن را به همان صورت باقى بگذاريم.
در ظلع جنوب غربى مسجد، اتاقكى وجود دارد كه متعلق به قبر سيد شرف الدين موسوى، يكى از عالمان بزرگ شيعه