20پس از آن،قيام توابين كه در پى‌ندامت از عدم حمايت به موقع از امام حسين عليه السلام پديد آمد،در آن به شكست انجاميد و خون توبه‌كنندگان عراقى بر اين سرزمين جارى شد.
حجاج،حاكم مقتدر عراق،تمامى جريان‌هاى مخالف و معارض با بنى اميه را سركوب كرد و قيام مختار اين سرزمين را با ريختن خون قاتلان امام حسين عليه السلام و يارانش تسلى داد.
او به دست مصعب بن زبير كشته شد و مصعب نيز به دست عبدالملك مروان به قتل رسيد.كوفه و عراق در آخرين سال‌هاى حكومت بنى اميه،دست‌خوش حادثه‌هاى سرنوشت سازى شد.قيام عباسيان در ايران روى داد و سرانجام با پيروزى عباسيان،و استقرار آنان در عراق،اين سرزمين بر شام پيروز شد؛آرزويى كه ساكنان و اهالى عراق سال‌ها در انتظار آن بودند.مركز خلافت اسلامى دوباره به عراق بازگشت و ابتدا كوفه، آنگاه هاشميه و سپس بغداد و سامراء تا قرن هفتم به عنوان پايتخت انتخاب شد.
در زمان خلافت هارون و مأمون،بغداد و مرو پايتخت‌هاى خلافت اسلامى به شهرهاى پر شكوه و با عظمت تبديل شدند.عراق تمدنى درخشان را در قرن سوم در پيش رو داشت؛تمدنى كه در آن فرهنگ عظيم اسلامى بالنده و شكوفا شد و عراق جايگاه ديرينۀ تمدنى خود را بازيافت.در قرن هفتم،بغداد پايتخت عباسيان و تمام سرزمين عراق دست‌خوش تهاجم مغول‌ها شد و خلافت براى هميشه از عراق رخت بربست و هولاكو،ايلخان مغول،آخرين خليفه عباسى را در بغداد به قتل رساند.
در قرن‌هاى هشتم و نهم تا دوازدهم هجرى،با ظهور عثمانيان در تركيه،عراق زير سلطۀ آن دولت در آمد.عثمانيان به علت پاى‌بندى شديد به مذهب اهل سنت و تعصب نسبت به آن،مشكلات فراوانى را براى زائران عتبات عاليات فراهم مى‌آورد و با كشور هم‌جوار خود،ايران،رابطه تيره و خصم‌آميزى داشت.سرانجام،در جنگ اول جهانى، پس از شكست متفقين،عثمانى همانند بيمارى رو به احتضار تجزيه شد و سرزمين‌هاى زير سلطه آن استقلال يافت و قسمتى نيز مستعمرۀ دولت‌هاى اروپايى شد.با فروپاشى عثمانى،عراق زير سلطه انگليس قرار گرفت.پس از چندى،عراق در 1920م شاهد خيزش جنبش‌هاى مردمى و استقلال‌طلبانه عليه انگليس شد.قيام مردم اين كشور به رهبرى روحانيان شيعه،به ويژه آية اللّٰه آشتيانى،عليه انگليس اهميت ويژه‌اى در تاريخ