65سياسى خود احساس چندصدايى كرد؛ بهويژه پس از پناهندگى برخى از رهبران حزب به جمهورى اسلامى ايران، انشعاباتى مهم، مانند «الدعوةالاسلاميه» و «جندالامام» بهوجود آمد. اين انشعابات بر اثر اختلافات اعضاى حزب بود كه در نتيجه آن، حزب نيز منحل شد.
الدعوةالاسلاميه با رهبرى اشخاصى چون شيخ على كورانى، ابوياسين، ابومهدى، ابوصفا دغلاوى، ابومحمد عامرى، ابوحيدر خرمشهرى و ابومصطفى شكل گرفت. «الدعوةالاسلاميه» نظريه ولايت فقيه را همگرا با جمهورى اسلامى ايران، قرائت و دنبال مىكند و به همين دليل، همگرايى بيشترى با مجلس اعلا دارد. اين حزب، به دو گروه اكثريت و اقليت تقسيم شد. اكثريت به رهبرى شيخ محمدمهدى آصفى و اقليت به رهبرى شيخ على كورانى كه بعدها از فعاليتهاى حزبى كناره گرفت، اداره مىشد. سپس ابوياسين رهبرى گروه اقليت را برعهده گرفت و در حال حاضر نيز ابوصفا دغلاوى رهبرى گروه را برعهده دارد.
الدعوةالاسلاميه، با انتشار هفتهنامه «الاعتصام» در سوريه، فعاليتهاى خود را همگام با مجلس اعلا پيگيرى كرد. مركز اين گروه در قم بود كه پس از سقوط نظام بعثى، رهبران آن به عراق رفتند و از تركيب شوراى انتقالى، يك سهم را به خود اختصاص دادند.
افزون بر انشعاب الدعوةالاسلاميه، انشعاب ديگرى نيز در حزب، با عنوان «جندالامام» شكل گرفت. فعاليت اين گروه، تنها به صدور بيانيههايى به نام دبير كل كه در چارچوب مجلس اعلاى انقلاب اسلامى عراق به رهبرى سيد محمدباقر حكيم فعاليت مىكرد، خلاصه مىشود.