321منوچهرخان، معروف به «معتمدالدوله» همه مخارج آن را پرداخت .
در سال 1255 قمرى سلطان محمود دوم (عثمانى) پرده نبوى را كه از پارچه سندس بود به حرم هديه داد و در شب قدر همان سال بر روى ضريح نصب شد.
در عصر صفوى آيت‌الله شيخ عبدالحسين تهرانى، معروف به «شيخ العراقين» وكيل امير كبير، از ثلث ماترك ميراث وى تعميراتى در آستان انجام داد و به بازسازى و تذهيب ايوان‌ها و آينه‌كارى حرم و رواق‌ها و كاشى‌كارى صحن پرداخت. يك سال بعد، ناصرالدين شاه ضريحى از نقره براى دو مزار مطهر ساخت و آن را جايگزين ضريح فولادى عصر صفوى كرد.
در سال 1281 قمرى كار بازسازى مرقد مطهر دوباره آغاز شد. نوسازى ديوارهاى حرم و تزئين آن با آجر و كاشى و بناى ايوانى با 22 پايه كه به «طارمة باب المراد» معروف بود و طلاكارى ايوان، از كارهاى اين دوره است. همچنين از سمت جنوبى سقفى با 14 پايه كه به «طارمة باب القبلة» معروف بود، بنا كردند كه ساخت آن در سال 1258 قمرى به پايان رسيد. پس از اجراى تمام اين تعميرات، حرم مطهر به يكى از زيباترين بناهاى اسلامى تبديل شد.
در سال 1296 قمرى امير فرهادميرزاى قاجار، فرزند عباس‌ميرزا و عموى ناصرالدين شاه براى كمك به برنامه بازسازى اساسى حرم داوطلب شد. اين بازسازى شامل ساخت زيرزمين‌هاى منظم براى دفن مردگان و طلاكارى