317چند سال بعد كه دوباره حرم بر اثر طغيان دجله آسيب ديد، به بازسازى آن پرداخت و خرابى‌ها را ترميم كرد. در زمان فرزندش، الظاهر نيز حرم مطهر دچار آسيب شد و بسيارى از لوازم و نفايس آن در آتش سوخت و حتى به ضريح گنبد و مناره‌ها خساراتى وارد شد كه خليفه به بازسازى آن پرداخت.
درسال هجرى هنگام تهاجم هولاكوخان مغول به بغداد، شهر كاظمين دچار تاراج و آتش‌سوزى شد؛ اما دو سال بعد وزير وى، عطاملك جوينى به هنگام حكومتش بر عراق، به بازسازى و جبران خسارت وارده به مشهد كاظمين پرداخت و ديوارهاى آستان را با كاشى تزئين كرد. يك سده بعد، دوباره بر اثر طغيان دجله، حرم رو به تخريب و ويرانى رفت و سلطان اويس جلايرى به ترميم و تعمير آن اقدام كرد.
در سال 769 هجرى سلطان اويس جلائرى، مرقد مقدس را كه بر اثر سيل‌ها شكاف برداشته بود، تعمير كرد. وى دو گنبد و دو مناره براى حرم ساخت و دستور داد تا دو صندوق از سنگ مرمر بر روى دو قبر شريف بگذارند و همچنين حرم را با آجر كاشى كه بر روى آن سوره‌هايى از قرآن نوشته شده بود، تزئين كنند. ديوارهاى صحن را با كاشى‌هاى زيبا آراست و سپس دو صندوق خاتم‌كارى بر روى قبرهاى مقدس نصب كرد و به جاى يك گنبد، كه در عصر آل‌بويه ساخته شده بود، دو گنبد بر فراز قبرهاى مطهر ساخت. اما باز هم چند سال بعد در هجرى دجله طغيان كرد و خرابى‌هاى بسيارى در مشهد كاظمين به بار آورد.