315پس از او، عضدالدوله ديلمى در سال 369 هجرى همانند ساير مزارات امامان شيعه، تغييرات بسيارى در حرم انجام داد و آن را توسعه بخشيد و ديوارى در اطراف شهر كشيد. بيمارستانى نيز بين كاظمين و بغداد ساخت كه در خدمت زائران اين مزار بود .
در هجرى به دنبال درگيرى‌هاى شيعه و سنى در محله كرخ بغداد، آتش‌سوزى بزرگى رخ داد كه به مشهد كاظمين سرايت كرد و آسيب بسيارى به بقعه مطهر رساند. ابوالحرث ارسلان بساسيرى با كمك ابونصرفيروز، فرزند ابى‌كاليجار، به بازسازى و مرمت آستان و مناره‌ها پرداختند و داخل حرم را تزئين و صحن شريف را بازسازى كردند و دو صندوق بر مزار دو امام نصب كردند.
در هجرى مجدالملك ابوالفضل براوستانى، وزير شيعى بركيارق، از پادشاهان سلجوقى، به تعمير و بازسازى حرم پرداخت و بناهاى جديدى به اطراف آن افزود. ديوارهاى آستان را با كاشى تزئين كرد و در شمال آن، مسجدى بزرگ ساخت و دو مناره زيبا و يك مكان بزرگ براى استراحت زائران و سكونت آنان احداث كرد.
در سال هجرى صحن و حرم شريف بر اثر طغيان رود دجله دچار آسيب شد و خليفه عباسى، الناصر لدين الله، به همت وزير شيعى‌اش مؤيدالدين محمد قمى در هجرى تعميراتى در آن انجام داد و حجره‌هايى در اطراف صحن ساخت. او در اطراف آستان، خانه‌هايى براى زائران و فقيران بنا كرد كه به «دار الضيافه» مشهور شد. افزون بر اين، حجره‌هاى اطراف صحن را در هجرى به مدرسه علوم دينى تبديل كرد. خليفه عباسى