185ورود مختار به كوفه با قيام توّابين مصادف شد. وى كه متوجّه خطر ابنزبير و خطاى سليمانبنصرد شده بود، تلاش كرد تا شيعيان را از همراهى با توّابين بازدارد. در پى آن، بسيارى از كوفيان، اردوى سليمان را ترك كردند و چهارهزار نفر نيز به مختار پيوستند. در اين ميان، اشراف كوفه - يا قاتلان امام حسين - كه از قدرت يافتن مختار به هراس افتاده بودند، حاكم زبيرى را بر ضدّ وى تحريك كردند و سرانجام او را به زندان افكندند؛ امّا او پس از ماجراى توّابين، بار ديگر با وساطت و نفوذ عبداللهبنعمر آزاد شد. سپس به صورت پنهانى به جمعآورى نيرو پرداخت و كسانى چون ابراهيمبنمالك اشتر را به يارى طلبيد. آنگاه در ربيعالاول سال 66 ق، قيام خود را آغاز كرد و در مدّت كوتاهى بر شهر تسلّط يافت. در پى آن، عبداللهبنمطيع- حاكم زبيرى كوفه - پس از سه روز مقاومت، مخفيانه از شهر گريخت و قصر كوفه به دست مختار افتاد. 1
مختار طى مدّت حكومت بر كوفه، سعى كرد با تمسّك به سيرۀ امام على(ع)، با عموم مردم بهويژه ايرانيان رفتارى محبّتآميز و عادلانه داشته باشد؛ به همين دليل مردم نيز به او عشق مىورزيدند. با اين همه، وى با اشراف و ثروتمندان اين شهر - كه دست به شورش زده بودند -جنگيد و بيش از نهصد نفر از آنان، به خصوص گروهى از قاتلان امام حسين(ع) را كشت. همچنين گروهى را براى نجات محمّدبنحنفيه از زندان ابنزبير به مكه اعزام كرد كه با موفّقيّت همراه بود. سپاهى را نيز به فرماندهى ابراهيمبنمالك اشتر به مصاف شاميان فرستاد و پس از شكست آنان، عبيدالله بنزياد - فرماندۀ ايشان - و حصينبننمير را نيز به هلاكت رساند. سپس تمامى كسانى كه در كربلا حضور داشتندو مرتكب جنايت شده بودند را يافت و مجازات كرد. با اين وجود، كسانى چون محمّد بن اشعث بن قيس به بصره گريختند و مصعببنزبير را براى حمله