89را بر اين ديد كه به وسيله‌اى ديگر شيخ را از سر راه خود بردارد. البته زمينه‌هاى آن هم فراهم آمده بود؛ زيرا پس از قتل امير، شيخ مى‌خواست به توصيه وى، از ثلث اموالش مدرسه‌اى در كربلا بسازد. در اين ميان، عوامل حكومتى از وى خواستند كه براى عمران عتبات عاليات و نظارت بر بارگاه ائمه در عراق، به اين سرزمين برود و پى‌گير آبادانى، معمارى و گسترش اماكن مقدس مزبور باشد. 1
اين‌كه در برخى منابع اخير آمده است كه او با شاه رابطه خوبى داشت و مورد توجه ناصرالدين‌شاه قرار گرفته بود و خودِ شيخ از شاه خواسته تا به وى اجازه دهد به عراق برود و به امور عتبات رسيدگى كند، واقعيت ندارد و مخالف منش شيخ مى‌باشد. اين منابع خطاى ديگرى نيز مرتكب شده‌اند و ادعا كرده‌اند كه شاه او را وصىّ خود قرار داد؛ در حالى كه اميركبير وى را وصىّ خويش قرار داد كه آن هم دربارۀ عمران عتبات نبود. 2
در جوار بارگاه ائمه هُدى
پيش از آن‌كه شيخ عازم عراق شود، ميرزا محمدباقر، فرزند ميرزا زين‌العابدين، فرزند ميرزا محمدباقر سلماسى در سامراء اقامت داشت و پى‌گير تذهيب گنبد بارگاه عسكريين (عليهما السلام) بود. سرانجام آن مرحوم بار سفر بست و به همراه خانواده در سال 1274 قمرى براى نظارت بر تعمير عتبات عازم عراق شد و در جوار آستان حسينى مقيم گرديد تا صحن مقدس حضرت سيدالشهداء (ع) را كه بر اثر هجوم وحشيانه فرقه ضاله وهابى آسيب‌هاى