166آقابزرگ تهرانى كتابخانه‌اش را در سال 1375ق وقف نمود. ايشان وقف‌نامه‌اى با گواهى چهار شخصيت حوزه علميه نجف تنظيم و ثبت كرد. اين عالم خدوم به فرهنگ و تمدن اسلامى، پس از فوت بنا بر وصيتش در زيرزمين كتابخانه به خاك سپرده شد. متأسفانه امروزه كتابخانه و مزار آقابزرگ از وضعيت مناسبى برخوردار نيست و رسيدگى به آن، به نوعى حفظ ميراث شيعه و تكريم خادمان بى‌منت و مخلص تمدن اسلامى است.
متن وقفنامه
بسم الله الرحمن الرحيم، و به ثقتى
حمد خدايى را سزاست كه بر خطورات قلب همگان واقف، و از خفاياى سرّى مردم مطّلع، و بر آنچه در برگ‌برگ دفاتر نوشته مى‌شود، عالم است.
سلام و درود بر كسى كه قرآن كريم بر او نازل شد؛ قرآنى كه همه كتاب‌هاى آسمانى گذشته را نسخ نمود، و سلام بر اوصاى معصوم پيامبر و سلام بر حافظان شريعت.
و امّا بعد. . .
از آن‌جايى كه شرع مقدس مرا بر آن داشت كه يك صدقه جاريه‌اى از خود به جاى بگذارم، و از طرفى فرزندانم مرا تشويق مى‌نمودند كه كتاب‌هايم در نجف اشرف بماند تا همه علاقه‌مندان و طلّاب و بزرگان بتوانند از آن استفاده كنند، فرصت را غنيمت شمردم و از خداوند عزوجل طلب خير و صلاح نمودم و صيغه وقف را بر تمام آنچه در كتابخانه داشتم، جارى كردم؛ كتابخانه‌اى كه در سال 1354ق با خود از سامراء به نجف آوردم.
البته اين وقف شامل كتب چاپ شده‌ام، مانند «الذّريعة» و «طبقات اعلام الّشيعة» نمى‌شود؛ چراكه آنها بايد فروخته شوند و درآمدش در چاپ مجلّدات بعدى صرف گردد. همچنين شامل مخطوطاتى كه به دست خود نوشتم، نمى‌شود؛ چراكه قبلاً آنها را براى اهل علمِ از ميان فرزندان پسرم وقف خاصّ نمودم تا از آن منتفع شوند و اقدام به چاپش نمايند.
توليت اين كتابخانه را به دامادم حاج شيخ حسين و جناب سيد مهدى مدرّسى و فرزندان پسرم كه در تهرانند و فرزندان ايشان واگذار كرده‌ام، و ايشان (ان‌شاءالله) به نگه‌دارى از آن