121مدارس با وقف و اموال وقفى اداره مى‌شد و از آن‌جا كه تكيه‌شان بر همين موقوفات بود، با از بين رفتن موقوفات، منبع درآمد ديگرى براى اين مدارس نبود و از طرفى كمتر كسى يافت مى‌شد كه تبرّعى براى اين مدارس هزينه كند. در نتيجه، اين‌گونه مدارس كم‌كم متروكه و فراموش شده و سرانجام به تلّى از خاك مبدّل مى‌شد و زمينش به تصرّف اشخاص حقيقى و حقوقى درمى‌آمد و چون مساحت دقيق آنها ثبت و ضبط نشده بود، كسى هم از آن اطلاع نداشت.
شواهد نشان مى‌دهد كه بسيارى از مدارس در نجف اشرف به همين شكل از بين رفته‌اند. يكى از اين شواهد، سفرنامه‌هايى است كه به دست ما رسيده؛ از جمله سفرنامه «ابن بطوطه» كه از بهترين نمونه‌هاست. ابن‌بطوطه گردشگر مسلمان معروف مراكشى در سال 737 هجرى سفرى به نجف اشرف داشته است. او مشاهداتش از يك مدرسه دينى را اين‌گونه بازگو مى‌كند:
از يكى از درب‌هاى حرم على بن ابى‌طالب (ع) كه معروف به «باب قبله» است، به مدرسه بزرگى وارد مى‌شويم. معمولاً مهمانانى كه به اين مدرسه مى‌آيند، تا سه روز مى‌توانند در آن اقامت كنند. در اين مدرسه طلّاب شيعه سكونت دارند. آنان از ميهمانان در طول اين سه روز با نان و گوشت و خرما پذيرايى مى‌كنند. 1
البته از اين مدرسه‌اى كه ابن‌بطوطه در سفرنامه خويش از آن ياد مى‌كند، اكنون اثرى باقى نمانده است. اين سفرنامه و امثال آن به ما مى‌گويند كه در آن روزگار