115نكته مهم درباره نسخ اين كتابخانه اين است كه در پشت كتاب يا صفحات اول برخى از اين نسخه‌ها نوشته‌ها، اسناد، تاريخ‌ها و نكات مهمى يادداشت شده كه مجموعه آنها خود، گنجينه اطلاعات ناب و ارزشمندى است؛ مطالبى چون آمدن عضدالدوله به زيارت اميرمؤمنان، آتش‌سوزى در حرم حضرت امير، بناى ديوار شهر نجف، شهادت ابوعبدالله بن مكى (شهيد اول) ، بارش باران عظيم و بى‌سابقه در نجف، و نيز اشعار نابى در اول يا آخر اين نسخه‌ها مكتوب است كه خواندنى است.
وضع كنونى كتابخانه
پس از سقوط رژيم صدام، فرصتى پيش آمد تا مراكز و نهادهاى علمى و فرهنگى و دينى نجف مورد توجه خاص قرار گيرد. كتابخانه حرم اميرالمؤمنين (ع) نيز يكى از آنها بود كه در شكل و شمايل جديد، در تاريخ 20 جمادى‌الثانى 1426 قمرى بازگشايى شد.
مرحوم «شيخ فارس حسون» سهم عمده‌اى در بازسازى كتابخانه داشت و با حمايت آيةالله العظمى سيستانى كتابخانه‌هاى عمومى عتبات مقدسه در حرم علوى و حرم حسينى و حرم عباسى احيا شد و كتاب‌هاى فراوانى خريدارى گشت. مؤلفان آثار بسيارى را اهدا كردند و اكنون اين كتابخانه بسيار فعال و در خدمت پژوهشگران است. بخش‌هاى مختلف آن عبارت است از:
1. كتابخانه عمومى: كه سالن اصلى و عمومى مطالعه به صورت قفسه‌باز است و چينش كتاب‌ها بر اساس 39 موضوع، صورت گرفته است و مورد مراجعه طلاب حوزه، دانشجويان، پژوهشگران و. . . است.
2. كتابخانه تخصصى اميرالمؤمنين (ع) : كه كتاب‌هاى مخصوص به آن امام را در بر دارد.
3. كتابخانه صوتى: كه دربردارنده هزاران لوح فشرده و نرم‌افزارهاى علوم و فنون مختلف است.
4. فهرست‌نگارى: كه به تنظيم كتابخانه و فهرست‌نويسى فنى براى آثار موجود مشغول است و براساس معيارهاى جهانى كار مى‌كند.
5. انتشارات: اين بخش به تدوين و چاپ و نشر كتاب‌هايى به نام كتابخانه، در موضوعات مربوط به امام على (ع) و نجف و نهج‌البلاغه و. . . مى‌پردازد كه تاكنون ده‌ها اثر عرضه كرده