57نيروهاى بعثى، به سوى ايران روانه شوند، اما ايشان در جواب مى‌فرمود: اگر از نجف بروم، چگونه جواب‌گوى مولايم اميرالمومنين (عليه السلام) باشم، درحالى كه شهر مقدس را بى‌دفاع و تنها بگذارم. ايشان كه قصد داشتند در شهر بمانند، به ديگران توصيه مى‌كردند كه سرنوشت خود را با ايشان گره نزنند و از شهر خارج شوند. در اين بين تنها چند نفر با آيت‌الله ماندند كه عبارت بودند از: سيد محمدتقى خوئى، سيد إبراهيم خوئى، سيد محمود ميلانى، سيد محمدرضا خلخالى، سيد عزالدين بحرالعلوم، سيد جعفر بحرالعلوم، سيد جواد بحرالعلوم و سه جوانى كه خود را وقف خدمت به آيت‌الله كرده بودند. . . ما سه روز در خانه بوديم و به جز بيسكويت و شير، غذاى ديگرى نداشتيم، تا اين‌كه در سوم رمضان 1411 نيروهاى امنيتى نظام بعث وارد شدند و آيت‌الله خوئى و همراهان را دستگير كردند. 1
با ربوده شدن آيت‌الله العظمى خوئى و حملات هلى‌كوپترهاى گارد رياست جمهورى به مردم بى‌دفاع و پس از آن ورود گارد رياست جمهورى به شهرهاى انقلابى و قتل‌عام مردم اين شهرها، دژخيمان بعثى با چراغ سبز بوش پدر، بر اوضاع مسلط شدند و انقلاب را در جنوب عراق سركوب كردند. اين در حالى بود كه كمك نيروهاى بين‌المللى باعث شد تا گروه‌هاى معارض كرد در مناطق خود اوضاع را به دست گيرند. در اين بين، علاوه بر آيةالله خويى، علما و فقهاى ديگرى نيز رهبرى اين حركت مردمى را به دست گرفتند. مقتدى صدر در مصاحبه‌اى مى‌گويد:
[حذف] «آيت‌اللّه سبزوارى و مرحوم پدرم براى رهبرى انتفاضه پيش‌قدم شدند و فتواى جهاد دادند. آن دو با تشكيل گروه‌هايى و برپايى جلساتى مردم را اداره مى‌كردند، تا اين كه جريان‌ها و افرادى با ايجاد اختلاف در ميان اين تشكل و هسته‌هاى مردمى، سبب شدند تا بغداد كاملاً به دست رژيم افتاد و نهايتاً تمام عراق دوباره تحت سيطره صدام درآمد و خانه‌ها ويران شد؛ مردم قلع و قمع شدند و جنايات صدام كه بر كسى پوشيده نيست، فزونى يافت.» 2