129ساختمان آن را تخريب كرد تا آنرا به سبك و شيوۀ جديد بسازد تا قابل بهره‌بردارى شود امّا اين هيأت پيش از اتمام پروژه، مديريت امور حرم را از دست داد.
وقتى مديريت امور حرم به دست مقام مرجعيت سپرده شد، كار در حسينيه دنبال شد تا آنچه را كه مديريت پيشين آغاز كرده بود به پايان برساند. كار بر روى اين پروژه، بعد از پذيرش مديريت از سوى هيأتى كه «ديوان وقف شيعى» با حمايت مقام مرجعيت آنرا تشكيل داد، همچنان ادامه دارد.
ايوان علما
ايوانى است در مركز ضلع شمالى رواقِ مطهر و مُشرف بر صحن شريف. اين ايوان روبهروى مقبرۀ مرحوم سيد محمد كاظم يزدى، در نزديكى باب شيخ طوسى (رحمة الله) واقع شده است.
به اين خاطر «ايوان العلما» ناميده شد كه تعدادى از علما در آن و يا مقابل اين ايوان به خاك سپرده شده‌اند؛ از جمله علماى مشهور مدفون در اين ايوان، عبارتاند از: شيخ احمد بن اسماعيل جزايرى، صاحب كتاب، «قلائد الدرر في بيان آيات الاحكام بالاثر» (متوفاى سال 1151ه.) شيخ محمد مهدى نراقى، مؤلف كتاب «جامع السعادات» (متوفاى سال 1209ه.) فرزندش شيخ احمد نراقى، مؤلف كتاب «المستند» (متوفى سال 1245ه-.) ، سيد على داماد (متوفاى سال 1336ه-.) و. . .
مدرسۀ علميۀ صحن شريف حيدرى
طبقۀ فوقانى ساختمان صحن، شامل پنجاه و دو حجره است. مقابل هر حجره ايوانى است كه مشرف بر فضاى صحن شريف بوده و پشت سر هر مجموعه از آنها راهرويى است كه به پلّه‌اى منتهى مى‌شد. اين پله به حجره‌ها مى‌رسند. اين اتفاق‌ها ساخته شدند تا همانند ساير مدارس در محله‌هاى نجف اشرف، مسكن و محلّى براى اقامت طلاب علوم دينى باشند. اين حجره‌ها شبيه همان چيزى است كه امروزه به آن خوابگاه مى‌گويند.
بانگاهى به تاريخ متوجه مى‌شويم كه ساختمان سابق اين مجموعه، شامل حجره‌هايى براى اسكان طلاب علوم دينى بوده و اين غرفه‌ها توسط طلبه‌ها پُر شده بودند. برخى ازعلما، همانند مقدس اردبيلى حجره‌هايى در صحن شريف داشته‌اند كه كتابهاى خود را داخل آنها تأليف كرده و نيز محلى براى تدريس درسهايشان بوده است.