406در سال 29 هجرى عثمان بن عفّان مسجد را تجديد بنا كرد و مقدار بسيارى بر آن افزود و ديوارهايش را با سنگ منقوش و گچ برآورد و ستونهاى سنگى منقوش برايش ترتيب داد و سقف آن را از چوب ساج برآورد اما آنچه عثمان افزود از سه طرف بود؛قبلهاى،غربى و شمالى.در جانب شرقى چيزى نيفزود.در جانب غربى خانۀ ابوبكر و بيشتر خانۀ عباس را داخل در زمين مسجد كرد.پس طول مسجد 160 ذراع شد و عرض آن 150 ذراع.
در زمان خلافت وليد بن عبد الملك،بار ديگر بناى مسجد تجديد شد و از جانب قبله خانۀ فاطمه-س-و حفصه و خانهاى كه از آن طلحة بن عبيد الله بود و خانۀ ابو سبرة بن ابى رهم و خانه پهلوى آن،خانه عمّار بن ياسر و يحيى از خانۀ عباس بن عبد المطلّب و خانۀ مخارق غلام عباس بن عبد المطلّب داخل در مسجد شد و از جهت شمالى قرائن را كه خانههاى عبد الرحمان بن عوف و خانۀ عبد الله بن مسعود كه دار القراء ناميده مىشد و خانههاى هاشم بن عتبة بن ابى وقّاص بر مسجد افزوده شد. 1
آنچه وليد افزود از مشرق تا مغرب 6 ستون بود و از طرف شام 14 ستون.پس طول مسجد دويست ذراع و عرض آن صد و سى ذراع گرديد.وليد براى مسجد چهار مناره قرار داد.
مهدى عباسى در جانب شمالى 55 ذراع افزود و خانۀ مليكه و خانۀ عبد الرحمان بن عوف و خانۀ شرحبيل بن حسنه بر سر مسجد افتاد و در جنوب شرقى خانۀ مخرمة بن اهيب جزء مسجد شد.
مساحت مسجد در عصر عباسيان به همين حال بود،طول آن از جنوب به شمال 240 ذراع و از مشرق تا مغرب 130 ذراع و صحن آن به 165*98 ذراع مىرسيد. 2
درهاى مسجد
در ديوار شرقى مسجد رسول الله-ص-هشت در بود.اولى در انتهاى جنوب شرقى، باب النبى ناميده مىشد و آن رو به روى حجرۀ عايشه بود كه قبر مطهر در آنجا بود.در دوم مقابل خانۀ على-ع-بود و در كنار آن خانۀ عبد الله بن عدىّ.در سوم را در آل عثمان مىگفتند