21نيروهاى طرفدار در آنجا بيشتر و به كانون فتنه گران هم نزديك‌تر بود، امام در كوفه مستقر شد و نيروهاى خود را سازماندهى كرد و به مقابله با سركشان و فتنه جويان پرداخت. سه جنگى كه پيش آمد، يعنى جنگ جمل، جنگ صفّين و جنگ نهروان، در واقع فرو نشاندن فتنه و مقابله با دشمنان امامت و ولايت بود.
حضرت على عليه السلام پايتخت حكومت اسلامى را در كوفه قرار داد و در خانه‌اى نزديك مسجد كوفه ساكن شد. وقتى به كوفه مى‌روى، از خانۀ كوچك امام على عليه السلام و اتاق‌هاى سادۀ آن و چاهى كه داخل خانه است و محلّى كه پيكر او را غسل دادند و جايى كه امام حسن و امام حسين نشستند و مردم براى تسليت‌گويى مى‌آمدند، ديدار مى‌كنى و دلت براى آن امام شهيد و مظلوم مى‌سوزد.
در كوفه مسجد بسيار بزرگى است به نام «مسجد كوفه» كه خيلى مقدس و بافضيلت است. بسيارى از بندگان خوب خدا و پيامبران گذشته در زمين آن، خدا را عبادت كرده‌اند.
نماز در آن ثواب زيادى دارد. امامان ما به قصد نماز خواندن در مسجد كوفه، از مدينه به آنجا سفر مى‌كردند.
امام، در نزديكى مسجد، خانۀ ساده‌اى براى خود فراهم كرد و از مسجد كوفه به عنوان پايگاه دينى و حضور مردم و بسيج نيروها و محلّ تجمّع ياران استفاده مى‌كرد و در آن مسجد براى نيروهاى خود سخنرانى و موعظه مى‌كرد، نماز جمعه و جماعت مى‌خواند، ميان مردم قضاوت و داورى مى‌كرد، به مشكلات مردم مى‌رسيد، سؤالات افراد را جواب