18به «شاه» شكايت برد و شاه او را چوب زد و داغ كرد و از شغل نظارت انداخت و تمام اموال او را گرفت. در يكى از مراسلاتى كه «حاج ميرزا آقاسى» در همين هنگام كه «حاج عليخان» مغضوب و اموالش مورد مصادره قرار گرفته بود به محمد شاه نوشته، اين عبارت در آن ديده مى‌شود:
«در باب «عليخان» ناظر عرض مى‌شود كه پدرش به جهت خلاف با بنده رفت و در «مراغه» وفات يافت و خودش به واسطۀ خيانت به مال پادشاه دين پناه گرفتار آمد، زيادتر نترسانند كه او هم تلف شود همۀ مال‌ها از بين مى‌رود به آرام و استادى مال‌ها را از او بخواهند، و چندى بعد براى اين كه مبادا كشته شود با شتاب هرچه تمام‌تر از «نياوران» فرار كرده، خود را به «قم» رساند و در اطراف حرم «حضرت معصومه عليها السلام » بست نشست. فرار «حاج على‌خان» از «تهران» و بست نشستن در «قم» بيشتر براى اين بوده كه با «مهدعليا» زن «محمد شاه» و «مادر ناصرالدين‌شاه» ارتباط بسيار نزديك داشته و «محمدشاه» از اين قضيه كاملاً مسبوق و مستحضر مى‌شود و براى خاطر اين موضوع قصد كشتن او را داشته است و برخى هم اين ارتباط را به «مادر محمدشاه» نسبت مى‌دهند.
محمد حسن خان اعتماد السلطنه پسرش در يادداشت‌هاى روزانۀ خطى خود، در اين باب چنين گويد:
«قبل از نهار صحبت «محراب خان» خواجه «انيس الدوله» شد، خيلى مسن است، من عرض كردم اين خواجه سياه هر وقت مرا مى‌بيند منت زيادى به من مى‌گذارد كه پدرت را «شاه» مرحوم يعنى «محمد شاه»؛ مى‌خواست بكشد در «جاجرود». من از طرف «حاج‌ميرزا آقاسى» صدر اعظم، كه در آن سفر ملتزم ركاب نبود و در «نجف‌آباد» قريۀ خود بود، دو ساعته با چاپارى «جاجرود» آمدم شاه را مانع شدم كه پدرت را نكشد».
در سال 1261ق . هم باز «محمد شاه» قصد كشتن او را مى‌نمايد. «حاج‌على خان» كه از قضيه آگاه مى‌گردد، از «نياوران» با شتاب هر چه تمام‌تر فرار كرده، خود را به «قم» مى‌رساند و در اطراف حرم حضرت معصومه بست مى‌نشيند، لكن پس از چندى «صدرالممالك اردبيلى»، حاكم «قم»، بر حسب امر «شاه» با نيرنگ‌هايى او را از بست بيرون آورده، مغلولاً به «تهران» مى‌فرستد و بعد از مدتى زندانى، دوباره به وسيلۀ ايادى كه داشته و تشبثاتى كه به كار مى‌برده، از زندان آزاد مى‌گردد لكن او را به خارج از مملكت (بين النهرين) تبعيد مى‌كنند.