97در اوايل دو قرن نوزدهم و بيستم ميلادى، جنايت‌هايى در حق شيعيان در اين مسجد اتفاق افتاد؛ در سال 1216ه .ق- 1802 م، وهابى‌ها به دو شهر كربلا و نجف حمله كردند و در جريان حمله خود به نجف، به مسجد كوفه يورش بردند و همه شيعيانى را كه در حال نماز و عبادت بودند، به شهادت رساندند. همچنين در جريان انقلاب سال 1920م شيعيان عراق عليه اشغال انگليس، هواپيماهاى انگليسى، مسجد كوفه را كه بسيارى از مردم به داخل آن پناه آورده بودند، بمباران كردند و تعداد بسيارى از شيعيان را به شهادت رساندند و بعضى از مقام‌هاى مسجد را خراب كردند. سپس نيروهاى نظامى انگليس، با اسب و سگ‌هاى خود، وارد مسجد شدند. 1
پس از سقوط رژيم بعثى عراق، اسماعيليان بهره كه در هند حضور دارند، مسجد كوفه را به‌صورت كامل بازسازى كردند. در اين بازسازى، كف و نماهاى مسجد با سنگ‌هاى مرمر سفيدرنگ پوشيده شد و در شبستان مسجد، ستون‌هاى دايره‌اى سنگى، نصب گرديد و دو مناره بزرگ، در دو زاويه شمال غربى و شرقى مسجد ايجاد شد. گرچه اين بازسازى، به شيوه زيبا و مناسبى صورت گرفته است و به‌كارگيرى سنگ‌هاى مرمر سفيد و يكپارچه و تزيينات معمارى زيبا در آن، منظره دلپذيرى به مسجد بخشيده است، اما اصالت تاريخى مسجد، از بين رفته است و بيشتر مقام‌هاى داخل صحن مسجد كه پيش‌تر به‌صورت محراب يا ستون تاريخى بود، به محرابچه‌هاى كوچكى تبديل شده و حتى برخى از مقام‌ها نيز به‌طور كامل، حذف شده است.
ساختمان فعلى مسجد، بالغ بر چهل هزار مترمربع مساحت دارد. نماى آن، تقريباً به شكل مربعى است كه اضلاع آن به ابعاد 110*116*109*116 متر است. ديوارهاى مسجد، بلند و از بيرون، با برج‌هاى نيمه دايره، استحكام بخشيده شده است. تعداد اين برج‌ها 27 عدد است كه در هريك از اضلاع جنوبى و غربى، پنج برج و در هريك از اضلاع شمالى و شرقى، هفت برج و برج‌هايى نيز در چهار گوشه مسجد، وجود دارد. 2
(تصوير شماره80)
