96ديوارهاى آن، مستحكم‌تر و بلندتر گرديد و كف آن با ريگ پوشانده شد. 1
در سال 317ه .ق، قرامطه پس از تسلط بر مكه، حجرالاسود را از ديوار كعبه جدا كردند و با خود به شهر «احساء»، در شمال شرقى شبه‌جزيره عربستان بردند؛ تا اينكه در سال 339ه .ق، در دوره خليفه عباسى، المطيع لله، با وساطت يكى از سادات، به نام عمر بن يحيى علوى، آن را به مسجد كوفه منتقل نمودند و روى يكى از ستون‌ها، نصب كردند و سپس به مكه بازگرداندند. 2
از نوشته ابن‌جبير چنين برمى‌آيد كه برخلاف شهر كوفه كه در قرن ششم به مخروبه‌اى تبديل شده، مسجد كوفه از خرابى مصون مانده است. 3 ابن بطوطه نيز مسجد را در قرن هشتم ديده و آن را چنين توصيف كرده است: «سقف مسجد، بر ستون‌هايى از سنگ تراشيده شده، استوار است و قطعات سنگ با سرب، به يكديگر پيوسته است». 4
(تصوير شماره 79)
علامه سيد مهدى بحرالعلوم در سال 1181ه .ق، مسجد را بازسازى نمود. در جريان اين بازسازى، بخش‌ها و ستون‌هاى قديمى مسجد، خراب شد و كف مسجد روى بخش‌هاى خراب شده، به ارتفاع چهار متر، بالا آورده شد و در محل مقام‌هاى مسجد كه زير خاك دفن شده بود، مقام‌هاى جديدى ساخته شد. پس از وى، شيخ محمدحسن، صاحب جواهر، مردم را به زيارت مسجد كوفه و توجه بيشتر به اداى آداب آن تشويق مى‌كرد و خودش نيز روزهاى سه‌شنبه، همراه با طلاب حوزه به زيارت مسجد كوفه مى‌آمد و شب را در مسجد سهله، سپرى مى‌كرد. 5