91او بيعتش را با مصعب اعلام كرد؛ زيرا او براى حفظ جان خود و قبيلهاش راهى جز اين نداشته است. بنابراين همچنان حاكم موصل، جزيره، آذربايجان و ارمينيه بود تا اينكه عبدالملك در سال 71 يا 72 ه .ق، به مصعب حمله برد و مصعب ابراهيم را براى مقابله با عبدالملك فراخواند.
در اين وضعيت بحرانى ابراهيم نمىتوانست بىتوجه باشد و سرانجام بايد در معادلات سياسى از يكى حمايت مىكرد. او در اينباره با ياران و مشاورانش مشورت كرد و سرانجام تصميم گرفت با مصعب بن زبير همراه شود. گويا او ترجيح مىداد با پيوستن به سپاه زبيريان، به هدفهاى خويش در ريشهكن كردن شجره خبيث بنىاميه، دست يابد. به هرحال ابراهيم نامهاى به مصعب نوشت و با گروهى از ياران خود از موصل يا نصيبين (مقر حكومتش)، حركت كرد و به كوفه آمد و با مصعب ملاقات، و اطاعت خود از او را اعلام كرد.
علتهاى گوناگونى براى اختلاف ابراهيم با مختار بيان كردهاند. اما علت هرچه باشد، نشان مىدهد اختلافهاى بسيار عميق و جدىاى ميان ابراهيم مالك اشتر و مختار ثقفى بوده است؛ ازاينرو او پيش از قتل مختار با روىگردانى از وى به مصعب بن زبير پيوست.