170باب اول تا يازدهم پيرامون كوفه و محل دفن امام على (عليه السلام) است كه از زبان پيامبر و امامان معصومعليهم السلام بيان شده است.
باب دوازدهم: آن‌چه پيرامون قبر امير مؤمنان (عليه السلام) از زبان زيد بن على بن الحسين رسيده است.
باب سيزدهم: آن‌چه پيرامون قبر امام على (عليه السلام) از ابوجعفر منصور و هارون الرشيد نقل شده است.
باب چهاردهم: آن‌چه گروهى از عالمان بزرگ پيرامون قبر حضرت على (عليه السلام) گفته‌اند.
باب پانزدهم: پيرامون كراماتى كه از مرقد مطهر آن امام بزرگوار رخ داده و دليل بر مدفن آن حضرت است.
سپس در اين جلد، از كتاب ديگرى به نام «نزهة الغرى فى تاريخ النجف والغرى السرى» تأليف شيخ محمد بن حاج عبود كوفى (1267 - 1349ق) ياد شده كه پيرامون نام‌گذارى نجف و غرى، ويژگيهاى دفن در نجف، برپا شدن گنبد بر قبر آن حضرت، و برخى از حوادث مربوط به سرزمين نجف اشرف بحث شده است. سپس بخشى را به عنوان «اوّل من دفن فى النجف على عهد الامام اميرالمؤمنين (عليه السلام)» به قلم دكتر شيخ محمد هادى امينى آورده است و نيز عنوان: «من دفن فى النجف من صحابة الرسول الأكرم (صلى الله عليه و آله)» را به قلم همان نويسنده در پى آورده است. آن‌گاه بخشى با عنوان «ما لا يغتفر في شريعة التأريخ أو الغريّ مشهد سيدنا الامام علي (عليه السلام)» تأليف سيد هبةالدين شهرستانى آمده و در پايان عنوانى به نام «مشهد الامام على» نوشتۀ دكتر سعاد ماهر محمد، آورده شده است.
جلد سوم موسوعه با عنوان «مشهد الامام علي (عليه السلام) - القسم الثانى» است كه بخش دوم آن موضوع را در بر دارد و در 526 صفحه تنظيم شده است.
عنوان آغازين كتا «لمحة تاريخيّة عن مشهد الامام على بن ابيطالب (عليه السلام)» است كه با نگاهى گذرا به تاريخ چهارده قرن گذشته، مباحثى را آورده كه نويسندۀ آن شيخ كاظم حلفى است. آن‌گاه بخش‌هايى با عناوين زير ذكر شده است:
الف) نقشه مختصرى از مرقد امام على (عليه السلام) و تصاويرى از آن.
ب) فهرست كوتاهى از ترميم‌ها و اصلاحاتى كه طى سيزده قرن انجام شده است.
ج) اشاره‌اى به فضيلت زيارت آن امام هُمام و بعضى از شخصيت‌هايى كه به زيارتش رفته‌اند.
د) ضريح‌هايى كه براى مرقد مطهر آن حضرت طى قرن‌هاى گذشته ساخته‌اند.