137بانى و مؤسس اين مدرسه، شخص نيكوكارى به نام «محمدحسين‌خان اصفهانى» است. او در سال 1174 قمرى به دنيا آمد. بعدها به حكومت اصفهان دست يافت و پس از پشت سر گذاشتن مقامات حكومتى، در سال 1234 قمرى، در زمان فتحعلى‌شاه قاجار به صدارت رسيد و لقب «صدراعظم» گرفت. لقب ديگر او «نظام‌الدوله» بود. 1او در اين مدت خدمات بسيارى انجام داد. املاك وسيعى را در مناطق اصفهان و عراق وقف كرد و سه مدرسه نيز در پاقلعه و فتح‌آباد اصفهان ساخت. 2متن كامل برخى از وقف‌نامه‌هاى او در آخر كتاب «تاريخچه اوقاف اصفهان» ثبت شده است.
محمدحسين‌خان در سال 1226 مدرسه صدر نجف را تأسيس كرد و هم‌زمان با آن، ديوار و حصارى نيز در اطراف شهر نجف بنا كرد كه هزينه اين ديوار و مدرسه، مبلغ 95 هزار تومان شد. 3به علاوه، موقوفاتى براى آن قرار داد تا از درآمد آن چند شب در هفته و چند روز در ماه، طلاب ساكن را اطعام كنند. 4
مؤسس مدرسه صدر در سال 1239قمرى در اثر بيمارى يرقان چشم از جهان فروبست. جنازه‌اش به نجف اشرف منتقل و در زيرزمين مدرسه كه قبلاً توسط خود وى تعيين شده بود، به خاك سپرده شد. 5بعدها، فرزندان و ساير اعضاى خاندان او در همين محل دفن شدند. 6
علاوه بر موقوفاتى كه مؤسس در شهر اصفهان و نجف به مدرسه صدر اختصاص داده بود، موقوفات ديگرى نيز در شهر نجف داشت؛ از جمله يك كاروانسراى بزرگ معروف به «سيف بلال» از طرف فرزند مؤسس به‌نام