105در اين هنگام شريف العلما به تحقيق و مطالعه و تدريس و تعليم و تربيت شاگردان روى آورد و خود، حوزه درسى مستقلى تشكيل داد. در مدتى اندك، تدريس وى مورد استقبال طلاب و فضلا قرار گرفت؛ چنان‌كه بيش از هزار نفر در درس خارج وى حاضر مى‌شدند. 1
شريف العلماء در كربلا دو حوزه درسى داشت: يكى براى مبتديان در سطح پايين، و ديگرى در سطوح عالى بود و آنان كه در فضل و كمال به مرحله نهايى راه يافته بودند، در آن شركت مى‌كردند. 2
در شيوه درسى ايشان نوشته‌اند:
وقتى درس را تمام مى‌كرد، يكى از شاگردان برجسته موظف بود تا همان درس را دوباره در حضور استاد و ساير شاگردان تقرير كند؛ آن‌گاه استاد با مشاركت شاگردان، اشكالات بحث را برطرف مى‌ساخت. در مرحله بعد، شاگردان را به چند گروه مختلف تقسيم مى‌كرد و هركدام از گروه‌ها دوباره آن موضوع را در ميان خود مورد بحث و تقرير قرار مى‌دادند و در مرحله نهايى به نگارش و تدوين آن مى‌پرداختند؛ به طورى كه اين روش منحصر به فرد شريف العلما سبب شد تا شاگردان وى، به گونه‌اى منسجم و سريع رشد كنند و به مقامات عالى علوم اسلامى برسند. 3
شريف العلما در مرحه نخست، فقط اصول تدريس مى‌فرمود، اما بعد جمعى از شاگردان از ايشان خواستند كه يك درس فقه هم داشته باشند. استاد اين پيشنهاد را مخصوصا پس از اصرار سيد ابراهيم قزوينى پذيرفت و تدريس فقه را از باب بيع فضولى آغاز كرد. موضوع اين درس هشت ماه به طول انجاميد. 4