116مرتبه، با رنگ روغن اندود شده، از اين رو، برگرداندن سطح چوب‌ها به حالت نخست، كار بسيار مشكلى است. دربارۀ لايه‌هاى ضخيم رنگ روغن روى چوب‌ها و باقى گذاردن يا برداشتن آنها، بررسى‌هايى صورت گرفته است و نظرهاى متفاوتى وجود دارد. عده‌اى از ماهرترين نجاران، زير نظر مهندس معمار حرم اميرمؤمنان(عليه السلام) براى گزينش بهترين راه حل، در تلاش هستند. در اين ميان، تاكنون بعضى پيشنهادها نيز آزمايش شده است؛ مثل برطرف نمودن لايه‌هاى رنگ كه با وجود سعى فراوان براى اين كار، نتيجه، چندان رضايت بخش نبوده، زيرا با اين عمل، چوب‌هاى نما به شكل جدى آسيب مى‌بينند.
راه حل ديگر آن بود كه لايه‌هاى رنگ را به حال خود باقى بگذاريم و روى آنها را با لايه‌اى نازك از چوب ساج، به شكل و نقش فعلى نما، بپوشانيم كه اين راه حل نيز به خاطر وقت‌گير بودن، مورد قبول واقع نشد. به هر حال، به جهت پيشينۀ تاريخى نماى چوبى مسجد و ظرافت و حساسيت بالاى كار، هنوز تصميم جدى اى در اين باره نگرفته‌ايم؛ اما نماى چوبى مسجد از داخل، به صورت شكل‌هايى از چوب ساج و با نقش‌هاى اسلامى، كار خواهد شد؛ ان شاءالله.
مراحل بهره بردارى
كار بازسازى و محكم كارى ديوارها و ستون‌هاى مسجد و اسكلت بندى آهنى ديوارهايى كه تخريب يا كج شده‌اند، به پايان رسيده است و در ادامۀ كار، كف مسجد و قسمت پايين ديوارهاى آن، با مرمر،سنگ خواهد شد؛ اما سطح عمدۀ ديوارها و نيز سقف‌ها را بايد با آجرنما و به سبكى كه در آجركارى ديوارهاى خارجى مسجد عمل شده، نماكارى نماييم.
اميد است كه اين مراحل نيز به سرعت و به بهترين و كامل‌ترين شكل، انجام گيرد و به پايان برسد.
آيندۀ مسجد
مهندس محبوب در اين باره، چنين گفت: طبق نظرى كه هيئت امناى مسجد دارند، قرار است كه اين مسجد براى نماز، زيارت و عبادت زائران، بازگشايى و مكان‌هاى تابستانى و زمستانى براى آن در نظر گرفته شود. درب اصلى مسجد به همين صورت، يعنى رو به روى «ايوان العلماء» كه پشت به ضريح مقدس و سمت شمالى صحن شريف قرار دارد، باقى خواهد ماند. همچنين ورودى دوم مسجد كه ديوار به ديوار ورودى «باب شيخ طوسى» است، هيچ تغييرى نخواهد كرد.
مقبره‌هاى موجود در مسجد نيز «ان شاء الله» به شكل فعلى خود باقى مى‌مانند و تابلوهايى با نام صاحبان قبرها، براى راهنمايى زائران، نصب مى‌كنيم؛ تا رهگذران با خواندن فاتحه‌اى، براى آنان، از خداوند، طلب رحمت و مغفرت كنند.
علاوه بر اين، تعدادى از قبرها سنگ قبر دارند و اين موضوع، كار را براى زائران -\در جهت شناخت صاحبان قبرها-\ آسان‌تر مى‌كند و بدون شك، باقى گذاردن اين قبرها در مسجد، به همين شكل، بى مانع است و مشكلى ايجاد نمى‌كند.