10مى‌زد و اين نشان مى‌داد كه تا چه اندازه با آن حضرت پيوند درونى دارد. به همين دليل چندين سال متوالى به پژوهش دربارۀ جغرافياى دينى مدينه منوّره پرداخت كه حاصل آن كتاب بسيار ارزشمند مدينه‌شناسى بود كه در زمان حياتش دو مجلد از آن چاپ شد و قرار بود كه در ضمن پنج جلد انتشار يابد. نگاه خريدارانه به اين اثر نشان مى‌دهد كه كتاب ياد شده تا چه اندازه حاوى تحقيقات ميدانى و كتابخانه‌اى مبسوط مؤلف است، به خصوص كه به لحاظ چاپ، از نفاست ويژه‌اى برخوردار بود و مى‌توان گفت اين اثر مانند شخصيت خود استاد، مشتمل بر احساس مذهبى شديد، يك كار هنرى شگرف و يك روحيۀ تحقيقى در حد عالى است. استاد از آن دسته انسان‌هايى بود كه خداوند خيلى چيزها را يكجا به ايشان عطا كرده بود و اين كار؛ يعنى مدينه‌شناسى بازده و تجلّى آن نعمت‌ها بود كه استاد قدردانش هم بود.
استاد نجفى در سالهاى پايانى عمرِ پهلوى، چندين اثر كه رنگ و بوى نگرش سياسى - اسلامى داشت انتشار داد. يكى سوز مسلمانى (تهران، شركت سهامى انتشار، 1352) بود كه با نثرى ديكلمه‌وار، انديشه‌هايى را در باب مفاهيم انقلابى - اسلامى آن نگاشت. كتاب ديگر او ايدئولوژى الهى و پيشتازان تمدن كه مرحوم طالقانى و محمدتقى جعفرى بر آن مقدمه نوشتند. نيز كتاب انديشۀ علمى مذهب كه متن پياده شده سخنرانى استاد نجفى در دانشكدۀ نفت آبادان بود. اسلام و ماركسيسم اثر ديگر اوست كه سال 1354 انتشارات سروش (وابسته به راديو و تلويزيون ملى ايران) منتشر كرد.
ديگر آثار وى، پيش از انقلاب عبارتند از: بررسى كوتاهى از رسانه‌ها، مراكز و سازمان مذهبى ايران، (تهران، 1355)، مجموعۀ گفتار راديويى (1353 - 1354، دو مجلد، 362ص)، خروش حماسه‌ها به‌ياد فاطمه، به‌ياد پيامبر، به‌ياد ولايت (شركت انتشار، 1351) زندگى و اصالت مذهبى (خرمشهر، 1349)، متافيزيك مسيحى (شركت سهامى انتشار، 1346). و برخى از آثار ايشان بعد از انقلاب: خوزستان در منابع ايرانشناسى (طهورى، 1361)، دين نامه‌هاى ايران (برلن، 1364) و چندين مقاله و كتاب ديگر.
شايد بتوان گفت يكى از بهترين آثار ايشان «مصحف ايران» است كه بر اساس بيش از 180نسخۀ خطّى ايرانى و در دو جلد همراه با يك ضميمه در اواخر سال 1382ه .ش.