8هم‌زمان با تغيير ساختار بعثه در همان سال، همه كارهاى پژوهشى در زمينه حج و زيارت در حوزه نمايندگى ولى فقيه در حج و زيارت به اين مركز واگذار شد و پس از اين در قالب يكى از معاونت‌ها و زير نظر مستقيم نماينده محترم ولى فقيه كارهاى تازه خود را آغاز كرد.
با توجه به گستردگى دامنه كارهاى پژوهشى در سطح كلان و پژوهش‌هاى راهبردى (استراتژيك) در زمينه حج و زيارت و وهابيت‌شناسى، تبديل وضعيت مركز به پژوهشكده حج و زيارت در دستور كار قرار گرفت و درخواست تبديل به وزارت علوم ارائه شد (خرداد 1389). وزارت علوم نيز با توجه به پيشينه و ظرفيت‌هاى پژوهشى اين مركز، در فروردين‌ماه 1390 موافقت خود را با تبديل آن به «پژوهشكده حج و زيارت» با پنج گروه پژوهشى«اخلاق و اسرار»، «كلام و معارف»، «مطالعات اجتماعى»، «فقه و حقوق» و «تاريخ و سيره» اعلام كرد.
پژوهشكده براى بدل شدن به مركزى پويا و كوشا در عرصه پژوهش و پشتيبانى كارشناسى از كارهاى مرتبط به حوزه حج و زيارت تلاش مى‌كند. هم‌چنين انتظار مى‌رود در آينده به كانون مواجهه علمى و تخصصى با وهابيت و توليد آثار فاخر در دفاع از اعتقادات تشيع در برابر هجمه‌ها و شبهات اين فرقه و محلى براى آمد و شد نخبگان و فرهيختگان اين حوزه و بهره‌مندى از نظرات كارشناسى آنان و خدمات پژوهشى به آنها بدل شود.
«پژوهشكده حج و زيارت» در مدت فعاليت خود افزون بر كارهاى كارشناسى لازم، اجراى طرح‌هاى تحقيقاتى و عرضه خدمات پژوهشى ارزش‌مند، در حوزه توليد آثار علمى تا پايان سال 1391 بيش از هفتصد