125از اعمال مسجد، خواندن دو ركعت نماز در وسط مسجد است كه به مقام رسول خدا(ص) معروف است و مردم معمولاً اين نماز را براى قضاى حاجت مى‌خوانند و در ركعت اول پس از حمد سوره اخلاص و در ركعت دوم پس از حمد سوره الكافرون را مى‌خوانند و پس از نماز تسبيحات حضرت زهرا(ع)را مى‌خوانند و سپس اين دعا را مى‌خوانند:
>اللّهم أنت السلام ومنك السلام واليك يعود السلام ودارك دار السلام حيّنا ربّنا منك بالسلام، اللّهم إنى صلّيتُ هذه الصلاه إبتغاء رحمتك ورضوانك ومغفرتك وتعظيماً لمسجدك، اللّهم فصلّ على محمد وآل محمد، وارفعها فى علّيين وتقبّلها منّى يا أرحم الراحمين<
همچنين در اين مسجد ستونها و محرابهاى هفت گانه‌اى وجود دارد كه اين محرابها محل نماز گزاردن برخى از معصومان و پيامبران(ع)بوده است.
از ديگر جاها دكه القضاء است كه بنا به رواياتى جايگاه قضاوت حضرت اميرالمومنين(ع)بوده و در شمال شرقى مسجد قرار دارد و در مجاورت آن جايى به نام >بيت الطشت< قرار دارد كه محل ظهور يكى از معجزات حضرت على(ع)است و تفصيل آن در مفاتيح الجنان آمده است.
باب الثعبان يا دروازه اژدها يكى از دروازه‌هاى نخستين و كهن مسجد كوفه است كه در ميانه ديوار شمالى قرار دارد و در اينجا يكى ديگر از معجزات امير المومنين على(ع)ظاهر شده است.