124از رسول خدا(ص) روايت شده است كه: در شب اسراء كه به آسمان رفت، جبرئيل به ايشان عرض كرد: اى محمد(ص) آيا مى‌دانى كه اكنون كجا هستى؟ تو اكنون مقابل مسجد كوفه هستى. پيامبر فرمود: از خداوند برايم اجازه بگير كه دو ركعت درآن نماز بخوانم، سپس پيامبر در آنجا فرود آمد و در آن نماز خواند، به درستى كه مقدمه مسجد همانند باغى از باغهاى بهشت است و سمت چپ و سمت راست و وسط آن همانند باغى از باغهاى بهشت است و نماز فريضه خواندن درآن مساوى خواندن هزار ركعت نماز است و نماز نافله خواندن در آن مساوى پانصد ركعت نماز است.
از جاهاى زيارتى و متبرك مسجد مى‌توان از مقام اميرالمومنين(ع)نام برد كه در سمت قبله قرار دارد، البته قابل ذكر است كه دورتادور مسجد را حجره‌هاى زيادى فراگرفته كه بزرگترين آنها همين مقام است كه در سمت قبله قرار دارد و در آن محرابى هست كه گويند حضرت على(ع)در آنجا نماز مى‌خوانده است و در همان جا به شهادت رسيده است و در كنار محراب درى وجود داشت كه به قصر دار الاماره منتهى مى‌شد كه خرابه‌هاى آن همچنان در كنار مسجد قرار گرفته است و در فاصله هشتاد و پنج مترى دارالاماره خانه امام على(ع)قرار دارد كه همچنان پابرجاست و بر روى آن گنبد سبزى ديده مى‌شود. شيعيان در هنگام ورود به مسجد نخست به نزد محراب على(ع)مى‌روند و در كنار آن دو ركعت نماز به جا مى‌آورند. در سال 1974 م، رهبر اسماعيليان 1 بهره اقدام به نصب پنجره‌اى از طلا و نقره در مقام امير المومنين(ع)نمود.