111آنكه كمكى از جانب سلطان فرا رسد، خود در پاكسازى بناى مسجد سعى دقيقى به عمل آوردند.
چون قايتباى از اين واقعه آگاه شد، مسأله را آنطور كه مهم بود، جدّى و بزرگ خواند و نمايندۀ خود را به نام امير سنقر جمالى همراه با معماران و آلات و اسباب ساختمانى و بودجۀ كافى به سوى مدينه بسيج نمود و فرمان داد كه در تجديد بناى مسجد از هيچ امر و هزينهاى كوتاهى نورزند.
سلطان اشرف قايتباى، كه در سالهاى 872 تا 901 ه . ق. بر قلمرو مماليك حكمروايى مىكرد، در اين راه به حدى كارگر، استادكار، وسايل و مصالح ساختمانى ارسال داشته بود كه مورّخان به تفاوت از وصف آن حكايات، ارقام عجيبى را نقل كردهاند...
گروه ياد شده، منارۀ «رئيسه» را تجديد بنا كردند و ديوارهاى مسجد را از اساس مرمّت نمودند. محراب عثمانى را توسعه بخشيدند و ستونها را احيا كردند و سقفها را به استحكام برافراشتند و گنبدى بر فراز محراب عثمان بنا نمودند و از اطراف با سه گنبد ديگر كه به «مجاريد» مشهور بودند، زينت و استحكام بخشيدند.
دو گنبد در مدخل بابالسّلام برپا شد و نما سازى مسجد به نحو كامل صورت پذيرفت و آنچه كه از كتب و مصاحف سوخته بود، از سرزمينهاى اسلامى جمعآورى و وقف مجدد مسجد كردند.
اين اهتمام به محدودۀ بناى مسجد محدود نبود. اطراف مسجد را با تأسيس رباط، مدرسه، آشپزخانه و راهسازى، رونق بخشيدند. موقوفات زيادى ثبت و ضبط گرديد و با ارائۀ امكانات شهرى و لغو باج و ماليات به رفاه حال اهل مدينه همّت گماشتند.
اين تعميرات در سال 888 ه . ق. به پايان رسيد و سلطان قايتباى، خود در سال 889 ه . ق. براى زيارت و ديدار بنا، عازم مدينه گرديد. وى كتابهاى ذىقيمتى را در موضوعات مختلف علوم اسلامى با خود آورد؛ تا تقديم كتابخانۀ مسجد النبى كند و همّتى والا در خصوص خيرات و مبرّاتِ اهدايى به مسجد، از خود نشان داد. سمهودى كه خود در همين ايام در مدينه به سر مىبرد، مىنويسد: