23زمان منصور دوانيقى جايگاه قبر او آشكار شد. اولين بقعۀ ساده‌اى كه روى قبر مطهرش ساخته شد در سال 155 هجرى بود. بتدريج، قبّه و بارگاه و حرم و زائرانى پيدا شدند و مدفن او از غربت درآمد و به مرور زمان، تغييرات و بازسازى‌ها و توسعه‌هايى صورت گرفت، تا به وضع امروز رسيد كه حرم باصفا و گنبد طلايى و صحن و سرا و ايوان باعظمت آن، زيارتگاه دوستداران اوست.
امروز، كسى كه وارد حرم آن امام مى‌شود، علاوه بر زيارت قبر مطهر و بوسه بر ضريح روح‌بخش او و سلام بر حضرت آدم و حضرت نوح كه طبق متن زيارتنامۀ امام، در كنار قبر آن حضرت مدفونند، مرقد تعداد فراوانى از علما و بزرگان دين و شخصيّت‌هاى معروف را هم كه در مجموعۀ حرم قرار دارد زيارت مى‌كند. مثل علامۀ حلّى (وفات 726 هجرى)، علامۀ بحرالعلوم (وفات 1212هجرى)، شيخ انصارى (وفات 1281هجرى) سيد ابوالحسن اصفهانى (وفات 1365هجرى). در دو طرف ايوان زيبا و باصفا و طلايى حضرت على عليه السلام هم در دو اتاق، قبر مرحوم مقدّس اردبيلى (وفات 993) و حاج آقا مصطفى خمينى (شهادت 1356شمسى) قرار دارد. در بقعه‌هاى صحن آن امام، قبر علماى ديگرى هم هست كه همه از بزرگان و افتخارات شيعه‌اند. مثل شيخ عباس قمى صاحب مفاتيح الجنان و استادش ميرزا حسين نورى، سيد كاظم يزدى (صاحب عروةالوثقى)، ميرزاى نايينى، سيد شرف الدين.
قبر مرحوم علامۀ امينى نويسندۀ كتاب الغدير، و شيخ